ガンプラバトル選手権世界大会出場を目指すイオリ・セイは、高い模型制作技術はあるものの、バトルの操縦はからっきし。そんなセイの作る高性能なガンプラを手に入れようと、サザキがガンプラバトルを挑んできた。サザキに勝てなければ選手権に出てもすぐに負けるだけ…そう思い、セイはバトルを受けたが、サザキの強引な戦い方の前に窮地に追い込まれる。そんなセイの前に現れたのは、昼間出会った謎の少年、レイジであった。

偶然出会い、強引にセイの家に泊まり込んだ謎の少年レイジは、なんとセイの学校にまでやってきてしまう。しかもレイジは、部外者を追い出そうとする生徒会執行部員のゴンダを返り討ちにしてしまった。生徒会会長で模型部部長であるユウキ・タツヤは、自分がレイジを模型部に招待したと言い、事態の収拾を図ろうとするが、生徒たちの前で恥をかかされたゴンダは、復讐とばかりにレイジにガンプラバトルを挑んできた。

ユウキ・タツヤのザクアメイジングに、圧倒的な力の差を見せつけられたセイとレイジ。選手権で再びユウキと戦うときのためにセイは、ビルドストライクのフル装備を完成させるべく制作室にこもり続ける。一方、夜の街に繰り出したレイジは、ある場所へと向かっていた。そこは、長いガンプラ歴を持つ男たちが、夜な夜なバトルを繰り広げている店だ。武者修行とばかりに、男たちに戦いを挑むレイジは相手を一蹴。しかし、そんなレイジの前に、ガンプラバトルのイタリア代表、リカルド・フェリーニが現れた！

ガンプラバトル選手権を順調に勝ち進んでいくセイとレイジ。そんなある日、セイの実家である模型店に、ミホシと名乗る一人の女性が現れた。豊富なガンプラ知識を持つミホシと、たちまち意気投合するセイ。仲良くガンプラ談義をする二人を見てしまったチナは、大いに動揺する。そして選手権当日。万全の体勢で戦いに望むセイとレイジ…そんな彼らの前に歌いながら現れた少女は、キララ。アキバ系ガンプラアイドル、キララであった…！

ユウキ・タツヤとの決戦前に、レイジは再び武者修行に出かけ、セイはビルドストライクの調整に余念がない。入れ込みすぎるセイを心配してやってくるチナ…そんな二人の前に、謎の少年、ヤサカ・マオが現れた。マオの目的は一つ、ビルダーとしてどちらのガンプラが優れているか、それを確かめたいのだ。勝負を受けたセイはビルドストライクを、マオがガンダムX魔王を取り出す。互いの作品を見つめるセイとマオは、直後、宇宙に投げ出されていた…！

ユウキ・タツヤとの再戦を果たし、そして勝つ――それだけが、レイジをガンプラバトルに駆り立てるモチベーションであった。しかしユウキの突然の辞退によって、それがなくなった今、よりどころを失いレイジはあてもなく街を彷徨う。ユウキと再戦できない悔しさはセイも同じだ。そんな二人を見ていたチナは、言い知れぬ不安を感じていた。ユウキと戦えなくなったレイジは、このまま、どこかへ行ってしまうのではないか…。しかし、セイはレイジを信じることを誓い、未だ戻らぬ彼を想う。時を同じくして、レイジの目の前には、ユウキ・タツヤの姿があった。そして、彼の手にはザクアメイジングが握られていた…！