アポカリプスウィルスの発生によって、GHQの統治下にある日本。天王洲第一高校に通う桜満集 (おうましゅう) は、ウェブで話題の歌姫、楪いのり (ゆずりはいのり) と出会う。だが突然現れたGHQの軍隊が彼女を連れ去り、シュウは残されたシリンダーを手に、ロストクリスマスの惨劇で廃墟となった六本木フォートを目指した。そしてレジスタンス「葬儀社」のリーダー･恙神涯 (つつがみがい) と出会い、遺伝子兵器を巡る戦闘に巻き込まれる。いのりを守るため、その身一つで人型遠隔兵器、エンドレイヴの前に飛び出したシュウ。――そのとき、彼は右手に、ある能力を得るのだった。

突如始まった遺伝子兵器を巡る葬儀社とGHQの戦闘。 いのりの胸から引き出した剣でエンドレイヴを破壊し、危機を脱したシュウは、葬儀社のリーダー・ガイと合流する。 ガイの口から語られる“王の能力“、そして“ヴォイド”と呼ばれる異形の力。彼は、力を得たシュウに対し、戦いへの参加を強いる。 戸惑うシュウだが、目の前でGHQによる、日本人への“浄化”が行われたとき、彼の心は決まる。そして発動する、葬儀社による六本木フォート住民の救出作戦。――その勝敗の行方は、シュウに委ねられた。

葬儀社入りを辞退したシュウ。全てが終わり、以前と変わらぬ静かな毎日に戻れるはずだったが、シュウのクラスにいのりが転校してきたことで、その日常はあっけなく揺らぎ始める。ガイによれば、あの日、シュウは六本木で葬儀社と共にいる姿を、天王洲一高の生徒に目撃されたという。動揺するシュウに、ガイは告げる。平穏な日常が大事なら、自分で守れ、と。ヴォイドの形のみを手がかりに、目撃者を特定するため学園内を奔走するシュウは、苦闘の末、ようやく目撃者に辿り着く。――それは、シュウにとって思いも寄らない人物だった。

谷尋 (ヤヒロ) の裏切りによって、テロリストと関わった容疑で収監されたシュウ。彼を捕らえたGHQの将校、嘘界 (セガイ) 少佐は、葬儀社のテロリストたる悪性や、GHQの善意を語り、シュウの心を揺さぶり続ける。一体誰を信じたらいいのか? 思い悩むシュウをよそに、葬儀社は収容所に襲撃を仕掛け、囚人の脱獄作戦らを敢行する。誰の真実も見えない中、選択を迫られるシュウ。そんな彼の前に現れる、たった一筋の光明。―そのとき、シュウは一つの決断を下す。

GHQの収容所を脱したシュウは、ガイを逮捕したいというセガイから、密かに渡された発信機を胸に、彼らのアジトに足を踏み入れる。 そこでシュウは、葬儀社の一大作戦である“ルーカサイト”攻略のため、メンバー達から戦闘訓練を受けることになる。 振り返ることなく皆を率いるガイ、そして彼を信じてついていく部下達。彼らを理解できず、ガイへの不満は募るばかり。さらに唯一信じられる存在であった、いのりの真実を目の当たりにし、シュウの心は深く傷つく。 そして訓練の締めくくりに、綾瀬と模擬戦闘を行うことになるシュウ。見事勝利したシュウを、葬儀社の面々は仲間として迎えいれてくれる。彼の胸に沸き起こる、認められたという達成感。 だがその時事態は急転する。――見えない檻“ルーカサイト”の脅威が、任務に出ていたガイの頭上に襲いかかり・・・。

対地攻撃衛星ルーカサイトの凄まじい威力。葬儀社を支援する、アフリカ連合やリーブネイションズからの増援部隊は全滅し、その場にいたガイも負傷、葬儀社は圧倒的不利な状況での作戦決行を余儀なくされる。 ルーカサイトをコントロールするコアの停止には、シュウの力と城戸研ニ（きどけんじ）のヴォイドが不可欠であった。しかしシュウは、ガイへの嫉妬と不満、また任務の責任の重さから、作戦への参加を拒んでしまう。 だが、そんな彼をいのりが導き、予想だにしなかったガイの本心に触れたシュウは、共に戦う決意をする。 そして、作戦は動き出す。犠牲者を出しながらもコントロールルームに辿りついたシュウ。復讐心に燃えたダリル・ヤンの暴走によってコアは破損し、制御を失ったルーカサイトが落下をはじめる。 墜落地点は――東京。 ガイは己の罪を背負い、自らの命を賭けて衛星の破壊を試みる。 「また見ているだけなのか・・・僕は？」――何もできないことを悔やむシュウに、囁く声が聞こえてきて・・・。