地球侵略のため、隠密行動中だったケロン星人のケロロ軍曹は、日向冬樹と日向夏美に捕まってしまう。本隊の一時撤退により、地球に取り残されてしまったケロロは、そのまま日向家に居候することに…。そんなケロロのもとに集まったケロロ小隊の仲間とともに、ケロロは地球侵略を企む。彼らの作戦は果たして成功するのか…？