高校生竹本タケルは、友人の二ノ宮リョウや、幼なじみで従姉妹の西野マリと何気ない日常を過ごしていた。ある日の夕方、リョウと共にバイク便のバイトの途中、空からやってきた謎の光と遭遇する。一瞬意識をなくしたタケルは森の中で光る繭を見つける。その中から、何と裸の美少女が落ちてきた!! 突然の出来事に戸惑いながらも、自らを「ヒカリ」と名乗りおびえる彼女にタケルは「ヒカリは自分が守る」と伝える。その時二人の前に謎の怪獣が現れた!!

タケルと暮らし始めたヒカリは早くも家族の一人として過ごしていた。 そんなある日、タケルがヒカリと出会った森へと向かったリョウは、その外れにある湖の畔で雨にぬれる少女を見つける。少女は森の中で彼女がクオンと呼ぶものと暮らしていた。少女の住む森に毎日通い始めるリョウ。彼に少女は「アカリ」と名乗り…。(C)GAINAX／醜美委員会

ジェニファーの計らいで、学校に通うことになったヒカリ。そこに新しい出会いがあるのでは？と期待を胸に向かったヒカリだが、授業中の生徒たちのあまり楽しくなさそうな様子から、なぜタケルたちは学校に通うのか疑問に思うのだった。そんな中、避難訓練の途中で校庭に向かう列を突然離れたヒカリは、校舎へ向かい…。(C)GAINAX／醜美委員会