高校生竹本タケルは、友人の二ノ宮リョウや、幼なじみで従姉妹の西野マリと何気ない日常を過ごしていた。ある日の夕方、リョウと共にバイク便のバイトの途中、空からやってきた謎の光と遭遇する。一瞬意識をなくしたタケルは森の中で光る繭を見つける。その中から、何と裸の美少女が落ちてきた!! 突然の出来事に戸惑いながらも、自らを「ヒカリ」と名乗りおびえる彼女にタケルは「ヒカリは自分が守る」と伝える。その時二人の前に謎の怪獣が現れた!!

昨晩の出会いの後、ヒカリを自分の下宿先の家に連れてきたタケルだったが、従姉妹のマリにあっさりとヒカリが見つかってしまう。クラスメートも集まり、ヒカリについて問いつめられるタケル。その頃、昨夜の森では女性科学者ジェニファーが怪獣の死骸を調べていた。そして、ジェニファーは西野家に下宿することにして…。(C)GAINAX／醜美委員会

タケルと暮らし始めたヒカリは早くも家族の一人として過ごしていた。 そんなある日、タケルがヒカリと出会った森へと向かったリョウは、その外れにある湖の畔で雨にぬれる少女を見つける。少女は森の中で彼女がクオンと呼ぶものと暮らしていた。少女の住む森に毎日通い始めるリョウ。彼に少女は「アカリ」と名乗り…。(C)GAINAX／醜美委員会

熱を出したアカリを連れて自宅に帰ったリョウ。兄のリョウがアカリを連れてきたことに驚く紀美。最初は迷惑顔だった紀美だが、アカリがひとりぼっちだと聞くと、放っておけず面倒を見るようになる。ジェニファーの「二人はもともと一つだったのでは」という話から、二人は自分たちが姉妹のようだと互いに喜ぶのだが…。(C)GAINAX／醜美委員会

ジェニファーの計らいで、学校に通うことになったヒカリ。そこに新しい出会いがあるのでは？と期待を胸に向かったヒカリだが、授業中の生徒たちのあまり楽しくなさそうな様子から、なぜタケルたちは学校に通うのか疑問に思うのだった。そんな中、避難訓練の途中で校庭に向かう列を突然離れたヒカリは、校舎へ向かい…。(C)GAINAX／醜美委員会

待ちに待った夏休み、山へキャンプに出かけたタケルたち一行。初めてのキャンプで、川遊びや魚釣りなどを楽しむヒカリやアカリ。その夜、夏休みの定番「肝試し」をすることにした一同。タケルとペアになりうれしいヒカリと、二人きりで何を話していいか分からずあせるタケル。暗闇の中、二人の距離が急接近して…。(C)GAINAX／醜美委員会