海岸近くの団地に住む5人の子供たち (南洋子、津波豪、亀山大吉、小石川五右ヱ門、河口のり助) は、「ゴワッパー5」というグループを結成している。ある日、奇顔島の探検へ繰り出した彼らは、洞窟で巨大ロボット基地･ゴーダムを発見する。

ゴワッパー5は怪しげな陥没が起きた南コンビナートへ向かった。地下調査へ乗り出した豪とのり助は、地底魔人のメカ怪獣に遭遇。善戦するが、磁力に惑わされ撤退を余儀なくされるが…。

洋子は親友･ミドリの誕生パーティーへ。ところがミドリの父であるロボット工学者･植木田博士は、地底魔人にゴーダムの開発者と勘違いされていた。

世界各地の死火山で、突然激しい噴火が相次いだ。それが地底魔人のしわざと見抜いたゴワッパー5は、次の標的と推測したナイナイ山へ向かう。