黒の騎士団の反逆から1年。ルルーシュは平和に暮らす、ただの学生になっていた。しかし、突然起こったテロに巻き込まれてしまい、その中で、C.C.に出会う。彼女の力で記憶が蘇り、黒の騎士団のリーダー・ゼロとして再びブリタニア皇帝の父に反旗を翻す。