ある日、地球にやってきたカワイイ宇宙人ミトンと友達になったイチゴ･ハッサクのきょうだい。クラスメートのアオイと3人で『キッチン戦隊クックルン』にへんしんする能力を手に入れ、地球をおそう怪人たちとたたかいをくりひろげる! 悪の軍団ダークイーターズのボス、おなじみのイラッキンとクヨッペンは、ひきつづきとうじょう。またまたイジワルをくりかえす! 料理を作ってパワーチャージ、まんぷくビームで地球をまもれ、クックルン!

「ミトンの友だち」を名乗るナゾの宇宙人･バジル。さらにはもうひとりの宇宙人･ミールが登場。はたして彼女たちの正体は? ミトンの記憶を取り戻すのに必要なアイテムを求めて、クックルンは宇宙を駆けめぐる!