1920年代、花の巴里。美しく華やかなこの大都市にも、帝都・東京と同じように魔の手が忍び寄っていた。テアトル・シャノワールの支配人グラン・マは、巴里を守るべく敬虔なシスター見習いであるエリカを最初のメンバーに迎え、在仏日本大使の迫水とともに巴里華撃団の結成に動き出す…。…彼女たちの見た都市崩壊の悪夢が現実となる日がやってきた。果たして結成まもない巴里華撃団は、巴里の街を救えるのか!?

巴里華撃団・花組の隊長として、帝国華撃団・花組隊長である大神一郎が日本より迎えられ、エリカ、グリシーヌに続いてコクリコが隊員となった。闇のものたちの襲撃に備え、結成後間もなく戦力不足をいなめない巴里華撃団を、さらに強化しようとグラン・マと迫水が動き出す。新メンバーの候補となったロベリアに仕掛けられる罠…。巴里始まって以来の大悪党と巴里華撃団の戦いが幕を開ける!! 大悪党の本来の姿と迫水の切り札とは…!?

ロベリアに次いで花火が加わり、巴里花組の戦力不足も解消されたかに見えた。だが、個性溢れる隊員達を隊長として纏めきる事ができず、大神は巴里防衛の任務に一抹の不安を感じていた。そんなある日、演習用の人造ポーンの制御が利かなくなるアクシデントが発生。大神は自らの危険を顧みず、隊長として果敢に立ち向かう。