〈ペンギンズ、月へ行く?〉勝手にペンギンズのすみ家に侵入してやりたい放題のキング･ジュリアン。うんざりしたペンギンズはキツネザルのいない月へ飛び立った。しかし月だと思い込んだのは…!?／〈怪物たちのいるところ〉マリーンが幽霊のうめき声を聞いて夜中に叫び出す。ペンギンズの調査によると、声はどうやら下水道からから聞こえてる様子。マリーンと隊長が特殊捜査で下水道の中へ!

〈モートとぬいぐるみ工場〉モートのぬいぐるみが大人気なのに嫉妬したキング･ジュリアン。スカンクの匂いをつけて工場に返品させるが、モートも工場へ送られてしまう。ペンギンズの救出作戦開始!／〈キング･ジュリアン･デー〉「キング･ジュリアン･デー」を一方的に宣言された動物たちは、キャンディーほしさにモーリスに買収されてしまう。言うなりになって彼を喜ばせようとするが…!?

〈赤ちゃんはペンギンがお好き〉ある日マリーンが謎の卵を見つけた。子育てする本能をもつペンギンズに卵を預けるが、その卵は自分の息子だと言い張るキング･ジュリアンと、卵の奪い合いがはじまる…。／〈バッテリーズ〉夜中にダンスをするキング･ジュリアンの騒音に耐えかねた隊長は、ラジカセの電池を盗む。2人のバトルがぼっ発。もつれ合いながら着いた場所は凶暴なカンガルーの檻で…。

〈ペンギンたちの三角旗〉ペンギンズとキング･ジュリアンの旗取りバトルがぼっ発! なぜかペンギンたちはキング･ジュリアンに勝てずに、持ち物を全部取られてしまう…。ジュリアンの秘策とは!?／〈足長ジュリアン〉キング･ジュリアンが勝手に「足触るな」法を宣言。ジュリアンの足が大好きなモートは、つい触ってしまい追放されることに。隊長はモートの「足好き」を克服させるが…!?

〈人気者で行こう!〉園内にウェブカメラが設置され動物の人気投票が行われることに。ペンギンズは拒否するが転んだ新人が一躍人気者に。優勝トロフィーは誰の手に!?／〈愛と王冠はドブの中に〉今日は楽しく過ごす「動物園のファンデー」。マリーンにカタブツ扱いされた隊長は、羽目を外してキング･ジュリアンの王冠をなくしてしまう。王冠を取り戻すため作戦決行!

〈マダガスカルからの物体X〉頭脳派のコワルスキーはつい頭を使ってしまい、自分の「腹に聞く」ことができない。そんな時謎の動物を訪ねたモートがさらわれしまう。コワルスキー、本能で戦えるか!?／〈王様の私〉ライチを食べておかしくなったキング･ジュリアンが動物病院に入れられる。隊長はモーリスを仮のキングに任命するがモーリスもライチを食べて凶暴になってしまった!