ウィンダリア島に漂流人（さすらいびと）として流れ着いた少年・リックは、三人の少女──アミル・ネリス・エアリィ──に助けられ、彼女たちの営むパン屋「ル・クール」で職人として腕を振るっている。おいしいパンを焼いて人々に届ける、忙しくも穏やかな日々。ある時、リックたちは食材探しに出掛けた森の奥で不思議な生き物と行き逢う。その小さな出来事は、やがて訪れる新たな出逢いと大いなる変化の予兆にすぎなかった──。

エルフ族のラナから「今度くる嵐は普通じゃない」と伝言を受け、島の人々にパンを渡すたびに気をつけるよう忠告する三人娘たち。そんな一日の終わり、パンを届けに出かけたエアリィが一向に帰ってこない。赤い月が架かり、少しずつ雨雲が立ち込めてゆく島。心配したリックが探しに行くと、エアリィは噴水広場で見知らぬ女の子とすっかり話し込んでいる。女の子は果樹園で嵐の備えに忙しいお母さんの帰りを待っているというのだが…。

大嵐が去った夜、リックと三人娘は海岸に流れ着いた少女を見つける。診療所へ運ばれる少女の胸元に輝く、虹色のペンダント──。一方、ル・クールでも事件が。嵐で倒れた木に焼き窯を壊されて、パンを焼けなくなっていたのだ。マデラの助言で、ドワーフ族のハンクに窯の修理を相談することに。さらに、島の沖合いでは正体不明の大型船が目撃され、ウィンダリア島に灯火管制が敷かれた。不穏な空気の中、少女のペンダントが光を放つ。

マデラのパン屋を借りて仕事を再開するリックたち。島の住人たちも普段の生活へと戻っていく。だがアミルは一人、リックが剣を取って戦った時の表情に、言い知れぬ不安を覚える。そんな時、老漁師のヴァンスと孫のジャンが、海の中でキラキラ光る何かを見つけた。聞きつけた骨董屋のシャオメイは、リックたちに宝の引き上げを手伝うよう声を掛ける。窯の修理代を作ろうと、リックたちは早朝の海へ漕ぎ出すことにするのだが…。

もうすぐ店じまいのル・クールに、黒くて小さな使い魔ソルベエが訪れる。その日から毎日、甘いパンを買いに来るソルベエに興味が湧き、三人娘はこっそりあとを尾けてみることに。たどり着いた先は島のはずれに建つ古びた洋館。その主、メルティは究極のスイーツを作ろうと研究を重ねる魔女だった。三人をすげなく追い返したものの、実はル・クールのパンに惹かれているメルティ。魔女と使い魔の、美味しさのヒミツ探しが始まる…。

ル・クールにウィンダリア城の侍女ローナが訪れる。ラグナス王子とルフィーナ王女から注文を言いつかってきたのだ。急いでパンを焼くリックたち。配達に向かったウィンダリア城にはなぜか、厳重な警備が。バラの園で出迎えたラグナスとルフィーナは、夜な夜な城に出没する盗賊の撃退をリックに依頼する。ネリス、ローナとともに城内を見回るリックの前に、ついに現れた盗賊、怪盗ブラックテール。激しい戦いを繰り広げた盗賊の正体は意外にも…？