シャングリ・ラ

地上に置き去りにされた難民たちの希望の星として、北条國子は女子鑑別所から出所した。そして街を蹂躙する戦車を相手に國子のブーメランが宙を舞う。彼女の孤独な闘いが始まる…！

旧池袋地区から砲弾がドゥオモに撃ち込まれる。パニックになる住民たちに國子は事態の鎮圧と調査に向かう。その影で巨額の富を得る少女、香凜が微笑み、従者を弄ぶ平安調の幼女、美邦が現れる。役者は揃った。樹海と化した東京で、すれ違う謎と想いが戦火を呼ぶ…。

ドゥオモと呼ばれた地上。そこで國子たちとともに暮らしていたニューハーフのミーコは宝くじに当選し、超高層建造物アトラスへ移住することになった。彼女（彼？）の夢はアトラスの六本木にニューハーフ・パブ『熱帯魚』を復活させること。夢と希望を胸にアトラスへ足を踏み入れるミーコだったが…。

世界規模で炭素市場が暴落を始めていた。香凜のプログラミングを盗んだ犯人が世界経済をもて遊び始めたのだ。一方、ドゥオモに埋蔵された炭素鉱物を換金してアトラス打倒の軍資金を作るべく、國子は秋葉原に向かう…。

秋葉原を歩く國子は、草薙少尉と出会う。政府と闘う者と政府を護る者。互いの立場こそ違えど、求めるものは同じ。互いの思いを確認した二人の前に、爆弾雨と呼ばれる巨大な雹が降り注ぎ秋葉原を破壊していく…。

暴走したオロチによって、炭素経済は崩壊の危険にさらされていた。國子は凪子とともに対策に奔走する。一方、草薙は美邦の待つ月宮殿へ招待される。草薙の持つ剣と美邦の剣が互いに呼び寄せたのか…!?