ベルギガ王国のサン・トロン基地に駐留しているミーナ達カールスラントメンバーの元へ、エーリカ・ハルトマンの双子の妹ウルスラが派遣されてきた。母国カールスラントの試作機関開発部隊に所属するウルスラは、ミーナたちに実用テストを頼むために様々な試作機を持ってきたのだった。「せっかく来てくれたんだし、たまには妹の手伝いをしたらどうだ、ハルトマン」 「姉さま、なんか怒ってます？」 試作機のテストにいやいや駆り出されるエーリカ・ハルトマン。だが、ベルギカ周辺のネウロイ活動は終息はしていなかった――

ルッキーニの故郷でのんびり過ごしていた二人のもとに突然電話が鳴り響く。「はぁ？ アフリカ軍団司令部？ ネウロイが島を占拠？」 クレタ島基地へ招集された二人の前に現れたのは、第31統合戦闘飛行隊「ストームウィッチーズ」所属のマルセイユとライーサ。「全く、なんで私が他の奴と組まねばならんのだ」 ノイマン大佐指示のもと作戦を遂行することになるが、戦闘中も喧嘩をするシャーリーとマルセイユ。かみ合わない4人でルッキーニの思い出の島を守ることが出来るのか？

ある日リーネはパ・ド・カレーの港で戦災孤児の兄妹・ユリウスとローズを保護する。兄妹の故郷であるアルンヘムは未だネウロイの占領地域であり、掃討作戦が完了したら故郷に連れて行くと約束するペリーヌは暫くの間、兄妹の面倒を見ることになる。喧嘩をしながらも賑やかで楽しい日々を過ごしていたが、ある事件がきっかけでユリウスは屋敷を抜け出し、一人故郷行きのトラックに乗ってしまう。「クソッタレのウィッチが！」 「アルンヘムに向かったウィッチの部隊は、全滅して救出にいけなかったの…」 心配したペリーヌとリーネは、ネウロイ掃討作戦中のアルンヘムに向かうのであった。