幼くして姉と生き別れ身寄りのない主人公・星矢。ある日、未知の力・小宇宙（コスモ）を発動したことで、謎の老人・城戸光政のもとへ連れ去られる。そこで、自分が伝説の“ペガサスの聖闘士（セイント）”であり、彼の運命は女神アテナを守護し、暗黒の神々と闘うことだと告げられる。将来の選択に迫られる星矢。そんな彼の前に現れたのは、女神アテナを抹殺を目論む科学者ヴァンダー・グラードだった。

およそ200年ごとに繰り返される神々の壮絶な死闘。その闘いで、戦いの女神アテナを護るために集う女神(アテナ)の聖闘士(セイント)たち。そんな聖闘士の証である聖衣(クロス)を手に入れるため、星矢は苛烈なトレーニングと最終決戦に挑む。その先には、更に恐ろしい銀河戦争(ギャラクシアンウォーズ)も待ち構えていた。

聖闘士の頂点に位置する黄金聖闘士(ゴールドセイント)。彼らが纏う黄金聖衣(ゴールドクロス)のひとつ射手座サジタリアスの聖衣(クロス)をかけた銀河戦争(ギャラクシアンウォーズ)が始まる。しかし開始早々、青銅聖闘士(ブロンズセイント)・キグナス氷河が、大会の主催者・城戸沙織の暗殺に飛び込んでくる。謎に包まれたこの大会で、星矢は最大のライバルである青銅聖闘士・ドラゴン紫龍と対戦する。

青銅聖闘士(ブロンズセイント)・アンドロメダ瞬とユニコーン邪武の対戦。しかし、その影で恐ろしい敵が迫ってきていた。いち早く邪悪な小宇宙(コスモ)に気づいたアンドロメダ瞬のチェーン。だが、突如襲ってきたグラード軍にその存在はくらまされてしまう。襲い来るグラード軍に立ち向かうため、敵対していた青銅聖闘士たちが、心をひとつにして闘いを始めた。しかし、真の敵はその裏をかいていた。

最強の青銅聖闘士(ブロンズセイント)・フェニックス一輝は、離れ離れになった瞬の兄であった。憎しみの塊と化した一輝はいとも簡単に黄金聖衣(ゴールドクロス)を奪取する。謎だらけの状態に、城戸沙織が意を決して真実を語る。彼女こそが女神アテナの生まれ変わりであること。そして、聖闘士(セイント)を統括する聖域(サンクチュアリ)から命を狙われていること。星矢たちは沙織を守護し、黄金聖衣を取り戻すことを決意。一輝の手下・暗黒聖闘士(ブラックセイント)たちに挑んでいく。

暗黒聖闘士(ブラックセイント)との闘いで力尽き倒れてしまった星矢。一輝の強さは、彼の悲しい過去により築き上げられたものだった。愛する者を失った喪失感で最強となった一輝は、紫龍や氷河だけでなく、実の妹・瞬までをも容赦なく叩きのめす。死を悟った青銅聖闘士たちの前に、聖衣もなく、瀕死の状態の星矢が駆けつける。最後の闘いが幕を開ける。