Zoids Wild Zero

荒廃した地球で、レオ・コンラッドは相棒ゾイドのライガーや仲間のバズ・カニンガムと共に運び屋をしていた。レオたちは廃都市で帝国軍に追われるサリー・ランドという少女に出会う。サリーを守ろうとレオは帝国軍のゾイド、キャノンブルに立ち向かうが、返り討ちに。絶体絶命のその時、眩しい光が彼らを包み……!?

レオの左腕の金属化やサリーの体の変化、そしてビーストライガーへの進化は、惑星Zi（ズィー）から持ち込まれた「Ziフォーミング装置」に関係していた。サリーは自分が追われる理由と、荒廃した地球を再生させる方法を語る。一方、ビーストライガーに撃退された帝国軍は、新たな兵器ゾイドを差し向けようとしていた。

サリーのペンダントに導かれ旅を続けるレオたちは帝国軍の演習場に侵入してしまう。演習場では帝国軍の「赤き死神」クリストファー・ギレルとスナイプテラが演習中だった。レオは初めて見た新鋭の飛行ゾイドに夢中だが、バズとサリーは捕まらないか気が気ではない。レオたちは赤き死神がいる演習場から無事に脱出できるか。

帝国軍のゾイドライダー、バーン・ブラッドに与えられたのは新型ゾイドのガトリングフォックス。光学迷彩で姿が見えなくなるフォックスは次々と共和国軍から戦果を上げる。噂を聞いたレオたちは見えない敵を警戒しつつ進むことに。だがフォックスには整備しても直らない不調があり、それがバーンを思わぬ運命へ導いていく。

レオたちは手掛かりを元にボーマンを探し始める。一方ギレルはゾイドクライシスで大暴れした超巨大ゾイド、ジェノスピノの極秘発掘作業の護衛につく。いずれは自分がジェノスピノを操縦する為にだ。だが発掘現場はレオとビーストライガーの進路上にあった。自らの目的の為に燃えるレオとギレルが、砂漠で再び激突する！