世界一の俊足を誇るソニックと相棒のテイルス。彼らの元に大統領の危機を告げる使者が訪れる。新たな強敵ブラックエッグマン、メタルソニックを相手にソニックと仲間たちが立ち向かう。果たしてソニックは惑星フリーダムの平和を取り戻せるのか…!?
エピソード1
エッグマンランドへむかえ
人質を盾に大統領官邸に立てこもるドクターエッグマン。そんな世界の危機にソニックたちが立ち上がる。新たな敵ブラックエッグマンを止めるべく、ソニックたちは闇の大地にあるというエッグマンランドへ向かうのだった。
エピソード2
ソニックVSメタルソニック!!
ドクターエッグマンに開発されたメタルソニック。エッグマンランドに進入したソニックたちに、最速・最強の敵が襲い掛かる! メタルソニックの強大な力が天の大地を破壊し、世界に大陸崩壊の危機が迫る。ソニックは自らと同じ力を持つメタルソニックに勝つことができるのだろうか。