人質を盾に大統領官邸に立てこもるドクターエッグマン。そんな世界の危機にソニックたちが立ち上がる。新たな敵ブラックエッグマンを止めるべく、ソニックたちは闇の大地にあるというエッグマンランドへ向かうのだった。

ドクターエッグマンに開発されたメタルソニック。エッグマンランドに進入したソニックたちに、最速・最強の敵が襲い掛かる！ メタルソニックの強大な力が天の大地を破壊し、世界に大陸崩壊の危機が迫る。ソニックは自らと同じ力を持つメタルソニックに勝つことができるのだろうか。