ガンちゃんは父が作りかけのまま放置してあった犬型ロボを完成させ、ヤッターワンと命名。これをきっかけとしてガンちゃんとそのガールフレンドのアイちゃんは正義の味方“ヤッターマン”として世のために活躍することを決意する。

プジィプトにあるスフィンクスの鼻の穴の中にドクロストーンがあるというドクロベエの指令を受け、ドロンボーはメカで砂漠の国へと向かう。しかしスフィンクスの鼻は欠けて無くなってしまっていた。実はハッサンという男が、自分の家を作るために持ち帰ってしまったらしい。観光客相手にニセモノの土産を作ることに嫌気がさしていたハッサンは、恋人との結婚資金も稼ぎたいという気持ちの板挟みにあっていた。

フロダリビーチのガメガメハ大王23代目がドウエイ博物館からプレゼントされた傘の柄の中にドクロストーンの在処を示す地図が隠されているという。さっそくドロンボーは巨大メカ“アマガサッパー”でフロダリへ向けて出発する。

ドクロベエの指令で北極海に向かったドロンボーは、現地で犬ゾリに乗ったお爺さんと出会い、ドクロストーンについての情報を得る。このお爺さんの話によると、アザラシ島にいるアザラシがドクロストーンの欠片を持っているらしい。

西アジアのイルカ王国へ向かったドロンボー。王様の宝物殿の中にドクロストーンがあると睨んだドロンボーは、王国の財宝を狙うインチキ予言者・ヘルメットと手を組む。一方、王国についたヤッターマンは、ヘルメットによって無実の罪を着せられ、幽閉されたオイル博士の娘・マリアと出会う。なんと博士はドクロストーンのことを知っているらしい。ヤッターマンはマリアと共に博士を助け出そうとするが、その行く手にはドロンボーが待ち受けていた。

ドクロベエよりトンカ王国にある古代遺跡“太陽の神殿”にドクロストーンがあるという指令を受けたドロンボー。ところが行く手にはヤッターマンが立ちふさがり、いつもの如く敗北してしまう。巨大メカの爆発の影響で息絶え絶えな三悪は「死んだら太陽の神殿に葬って欲しい」とヤッターマンに言い残しなんと死んでしまう。