探偵事務所で働くワタルとコヨミのもとに、カレン姫とお供のロボット・ダイゴロンが現れた。二人の子孫である彼女は、王位継承者の証・幻の鳥ジュジャクを探す手伝いを頼む。同じ頃、王位を争うミレンジョ姫一味は、ジュジャクを探しに恐竜時代へ。後を追ったワタルたちであったがピンチに陥り、ワタルはカレン姫の力添えでヤットデタマンに変身する。

事務所の屋根裏部屋をカレン姫が暮らせるように片づけたワタルとコヨミ。その頃、事務所のあるマンションの地下に住むミレンジョの元へ、彼女に心酔するドンファンファン伯爵がタイムマシンで訪れていた。伯爵に家賃の支払いや食料の買い出しを頼んだミレンジョたちだったが、伯爵が戻る前にジュジャクの居場所を探り当て、早速1500年のドイツはライン川へと向かう。

ミレンジョ姫たちは、生類憐れみの令が配布された頃の江戸時代の、スズメ長屋にいる銀の犬がジュジャクの化身という情報を得て、飼い主の三太少年のもとへと向かう。しかし銀の犬は将軍家の犬御殿へ連れてゆかれた後であった。力ずくで犬御殿へ乗り込んだミレンジョたちの前に、三太とともに先回りしていたコヨミやワタルたちが立ちはだかった！

200年前の北極海にタイムトラベルしたミレンジョ姫たち。彼らの目的はジュジャクが変身しているという黄金のトナカイだ。追いかけてきたワタルたちは、エスキモーから黄金のトナカイはオーロラが出ると現れると聞く。するとちょうど空にオーロラが現れ、エスキモーの言葉通り黄金のトナカイも姿を見せる。

4000年前のエジプトへと向かったミレンジョ姫たちは、砂漠でコマロそっくりのアカンラーメン王子と出会う。ミレンジョはコマロをアカンラーメン王子とすり替え、エジプトの人民にジュジャクの化身であるフェニックスを探させる。一方エジプトに到着したワタルたちは、砂漠に置きざりにされたアカンラーメン王子を助ける。

1532年の南米エルドラドにジュジャクがいると知ったミレンジョたち。エルドルドでジュジャクが好んで食べるという不老長寿の実をみつけたが、遠征に来ていたピサロ率いる軍隊に包囲されてしまった。だがピサロ軍はスカドン怪力によって撃退されてしまう。そこへコヨミとワタルが登場し一戦を交えるが、ミレンジョ達に苦戦を強いられる。