平凡に暮らしていた女子高校生・加納渚は、テスト中に幻影を見てからというもの、不気味な怪物の襲撃を受けるようになった。遂には、両親までもが恐ろしい姿に変容し、渚に襲い掛かる！ そこに謎の少女・イクサー1が助けに現れた！ 理由も解らぬうちにイクサー1のパートナーに指名された渚は、彼女と共にイクサーロボに乗り込み、宇宙からの侵略者クトゥルフの戦闘下士官コバルトの操る巨大ロボ・ディロスθと対決！ しかし、手も足も出ない。大ピンチを迎えるイクサー1と渚。その時、イクサー1が放った一言が渚の秘められたパワーを呼び覚ました！
クトゥルフの指導者サー・バイオレットは、コバルトの恋人であった下仕官セピアを地球に送り込んだ。そしてクトゥルフの背後に控える支配者ビッグ・ゴールドの狙いを探ろうと、イクサー1は単身、敵の要塞に乗り込む。だがイクサー1は、自分を倒すために生まれたという強敵イクサー2との闘いで深手を負ってしまい…。
小夜子を殺されたと思い込んだ渚の強大なパワーによってイクサーΣは倒れ、セピアも絶命する。一人生還したイクサー2は渚の持つ不思議なパワーに魅力を感じ、配下のレッダス、ブルーバを使ってイクサー1を翻弄、そのすきに渚を誘拐する。イクサー2は渚にパートナーになるよう強要するが、渚はこれを拒絶する。しまいにはイクサー2に魂を操られ、最後の力を振り絞ってやってきたイクサー1を心ならずも攻撃してしまう。「自分を殺して！」とイクサー1に語りかける渚。果たしてイクサー1の決断は!? そしてイクサー2、ビッグ・ゴールドとの対決の行方は!? 地球の運命は!?
