TVアニメの第2シリーズ。ゲートの秘密と契約者たちの未来をめぐる戦いの果てに起きた未知の災厄「トーキョーエクスプロージョン」から2年後…。ロシアで平和に過ごしていた少女、蘇芳 (スオウ) はかつて「黒の死神」と呼ばれた黒 (ヘイ) と出会う。そして、彼女は契約者たちの激しい戦いに巻き込まれていく…。