超人高校生たちは異世界でも余裕で生き抜くようです！

世界最高レベルの天才、人呼んで「超人高校生」である御子神司たち七人は、それぞれ、政治、経済、剣術、医療、諜報、科学、マジックの類まれなる才能を持ち、世界を股にかけて活躍していた。ところがある日、司たちは不運にも飛行機事故に遭ってしまう。彼らが目を覚ますと、そこはドラゴンが飛び、獣耳を持つ人々が暮らす「異世界」だった。常人なら取り乱し、混乱するところだが、彼らは超人高校生。異世界だろうが余裕で生き抜くのである。むしろ彼らの心配は、彼らの才能が異世界を混乱させてしまわないかということだった。

司たちは、自分たちを助けてくれた少女、リルルと、彼女が住むエルム村に恩返しをするため行動を開始する。エルム村の人々と打ち解け、親しくなっていく超人高校生たち。ところがエルム村は、北部一帯の商業を牛耳る悪徳商人、ノイツェランド商会によって、貧しい生活を強いられていた。その状況に、真田勝人が立ち上がる。彼は元の世界で「財界の魔王」と恐れられた、世界最高の商人である。商業都市ドルムントを訪れた勝人は、神業のような手腕で瞬く間に自分たちの勢力を作り上げ、ノイツェランド商会との全面対決に挑む。

ドルムントで出会った少女、ルーを新たな仲間に加えた勝人たち。卑劣なノイツェランド商会の策をものともせず、勝人は大胆不敵に笑う。一方、エルム村には厳しい冬が訪れようとしていた。皆の身を案じ、一計を講じる司。忍者の末裔で世界最高のジャーナリスト、猿飛忍の働きで、朧気ながらこの世界の情勢が判明する。この世界を支配する覇権国家、フレアガルド帝国。失われた信仰、七光聖教。元の世界に帰る方法を探す司たちだが、謎は深まるばかりだった。そんな時、平和なエルム村に危機が訪れる。

世界最高のマジシャン、プリンス暁の機転で窮地を脱するエルム村の人々。だが、この一帯を治める卑劣な領主フィンドルフのもとへ、リルルが連れ去られてしまう。義憤に駆られるエルム村の人々。だが、領主に逆らえば村は無事では済まない。司は政治家としての立場からもっとも犠牲が少なくて済む解決策を村人たちに提案する。それでもリルルを取り戻す、と団結した村人たちに助けを求められた司は彼らに力を貸すことを決心する。司たちは持てる技術と才能を発揮して、領主に反旗を翻す。それは、この異世界の在り方を、根本から変えてしまう事を意味していた。

圧倒的な科学力を以て、悪徳領主フィンドルフを討ち果たした超人高校生たち。だがそれは、全ての始まりにすぎなかった。七光聖教を名乗り、自らを神の使いとして人々の前に姿を現した司たちは、医療やマジック、マヨネーズを奇跡と称して振舞い、異世界の人々をまとめ導こうとする。その第一歩として、大都市ドルムントを平定する司たちだったが、ドルムント警備隊隊長、バーナードは、司たちのやり方に疑問を覚える。領主が倒されて、フレアガルド帝国が黙っているはずがない。来るべき不穏な未来を憂うバーナード。そんな現実的な視点を持つ彼を、司は高く評価し、仲間として迎えようと動き出す。

ドルムントを拠点に、次々に改革を進めていく司だったが、帝国との本格的な衝突にも備える必要があった。司が懸念しているのは、北部一帯を治める総督、オスロ―・エル・ギュスターヴ。彼の使う恐るべき戦略魔法、「天の炎」を、司は強く警戒する。一方、リルルはフィンドルフから助けてもらった礼を、司に言えないでいた。自分を避けているフシもある司に、リルルは正面から向かい合う決意をするが……!? その頃、遠く離れたエルム村では、ルーがある試練に立ち向かっていた。