鉱山でロイドたちを待ち受けたのは、 クルシスの最高指導者・ユグドラシルだった。 女神・マーテル復活の礎として、 コレットを手中に収めようとするユグドラシル。 その絶対的な力の前に、ロイドたちは為す術なく一蹴されてしまう。 一方、ゼロスと再び相対する囚人服の男・リーガル。 彼の犯した罪とは何なのか、そして、ゼロスを付け狙う目的とは…。 プレセアの心がエクスフィアから開放された時、 リーガルの背負う罪の真相が明らかにされてゆく――

コレット捜索の協力を得るため故郷のミズホへ戻ったしいな。 しかし、彼女を待っていたのはレネゲードのリーダー・ユアンだった。 ユアンによるとコレットは“飛竜の巣”に捕らわれているという。 神子の完全天使化を阻止しようとするレネゲードは、 “飛竜の巣”への突入を試みようとしていた。 そのために必要な、雷の神殿に眠る精霊・ヴォルトとの 契約をしいなに依頼するのだが…。 かつてしいなはヴォルトとの契約に失敗し、 その際に多くの仲間が犠牲になっていたのだった―――

コレット救出のため、ユアンらレネゲードと共に “飛竜の巣”へ突入したロイドたち。 そこでロイドはかつての仲間・クラトスと対峙する。 自分たちを裏切ったクラトスに怒りの眼差しを向け、剣を構えるロイド。 そのとき、ユアンの刃が捉えたのは、なんとロイドだった。 「息子の命が惜しいと思うなら我々に従え」 ユアンの冷たい視線は、クラトスを見据えていた……。