この春から、小学6年生になった切札ジョー。少し大人になったジョーは、自身が生み出した星・ジョーカーズ星に住むジョーカーズ達に会いに行く。同じく大人な雰囲気を醸し出す彼らに、嫉妬したジョーの相棒・デッキーが、まさかのジョーに対決を申し込む?! ジョーの物語、クライマックスへ!!

鬼札アバクを倒すため、仲間達とともにデュエマの腕を高め合うジョーの前に現れたのは、かつて世界を自らの思う通りにしようとしたジェンドルの仲間・縄文ヒミコだった。いまはアバクと組む彼女を倒し、その目的や居場所を突き止めようとするジョー。ジョニーとの絆が今、試される…！

以前ガットルズとしてジェンドルに付き従っていた天王子ハイド。彼もまた、ヒミコと同様にアバクとともに行動していた。かつて王来学園の生徒会長だったハイド、そしてその同級生のアバク・ヒミコ。彼ら三人の因縁と悲しい過去が明らかに…。

デッキーを取り戻そうと、アバク達の居場所を探す中で「デュエマが強い男の子2人、女の子1人の3人組」の噂を耳にする。手がかりをもとにジョー達がたどり着いたのは、とんでもない豪邸だった！ ここの持ち主はなんと、かつてジョーと敵対関係にあったウサギ団で…?!