『DMバトル･アリーナ』日本一のデュエリストを目指し、日本各地で熱い戦いが繰り広げられていた。白凰との死闘の後、切札勝舞がドクター･ルートの元に修行に出てから、かなりの月日がたっていた。勝舞から何も連絡がなく、心配で今一つデュエルに身が入らないれく太。そんなれく太を心配したナイトはデュエル大会への見学を勧めた。注目のデュエリストたちがベスト8に勝ち上がる中、ボロボロの布を全身にまとった4人のデュエリストも勝ち残っていた。

ついにデュエル･マスターズ＝バトル･アリーナが開幕! 勝舞が参加する関東予選にも、続々とライバルたちが集結した! しかし、集まったのはライバルばかりではなかった! かつて白凰と白い騎士団とのデュエルに敗れた者たちが、白凰に復讐しようと黒い騎士団なるものを結成し、復讐の機会を狙っていた! デュエリストたちの様々な思いが交錯する中、関東大会予選1日目が始まった。勝舞は見事予選を勝ち上がることができるのか!?

復讐に燃える黒い騎士団を率いる現ジュニア･チャンピオン黒柳が、元白い騎士団･三国を倒した。その強さを対戦した三国が肌で感じ、黒い騎士団に脅威を感じていた。そんな中、同じく黒い騎士団の赤柳、青柳も圧倒的強さで実力者を倒していく。誰しもが、黒い騎士団の強さが本物と感じていた。そんな中、勝舞は…、迷路に迷っていた。そしてミミまでも…。反対にジョージと白凰は勝ち星を重ねていっていた。

順調にデュエリストを倒し、連勝していくジョージと白凰。それとは対照的に勝舞はまだ一度もデュエルすることができずに、迷路に迷っていた…。もちろん黒い騎士団の黒柳、赤柳、青柳も順調に勝ち進んでいた。そしてついに、黒い騎士団の罠が牙をむいた! ジョージが赤柳と、そしてミミが青柳とデュエルをすることに! 一方勝舞はというと、黒い騎士団の刺客が迫るが、なぜかデュエリストと出会えずにいた。そんな中、ついに迷路を突破し、一人目の初日予選通過者が決まった!

初日の予選通過者の内、二名が決まった! 残る通過者はあと二人。その二つの枠を争い、勝舞VS黒い騎士団･黒柳、そして白凰VS黒い騎士団･石黒とのデュエルが始まった! しかも、弱いと思われていた石黒は、実は三国と肩を並べるほどのデュエリストだった。両デュエルともドラゴンデッキと光文明デッキの対戦となったこの戦い。現ジュニア･チャンピオン黒柳の強さの前に勝舞はピンチに陥っていた。

デュエル･マスターズ＝バトル･アリーナ関東予選2日目が始まった。早くも決勝進出を決めた難波金太郎。そしてさらに、愛善も決勝進出を決めた。そんな光景を見学していた勝舞たちのところに、ジョージから驚くべき知らせが舞い込んできた! ドクター･ルートが勝舞たちの決勝パスとともに行方不明になったと。急いでドクター･ルートの家へ向かう一行。しかし、ドクター･ルートの姿はなく、残されていたのは勝舞たち4人に宛てたメッセージだけだった。