病院スタッフの働き方改革を目指す柏桜会グループが『あさひ海浜病院』に夜間勤務専門の救命医チーム“ナイト・ドクター”を立ち上げることになった。医師の朝倉美月（波瑠）は新たな就職先にナイト・ドクターを選ぶ。 ナイト・ドクターのスタート初日、スタッフステーションには美月のほかに、深澤新（岸優太）、成瀬暁人（田中圭）、桜庭瞬（北村匠海）、高岡幸保（岡崎紗絵）という5人の医師が集まる。美月を見た深澤は驚く。数日前、街で倒れたホームレスの診療に手間取った深澤に代わって、鮮やかに処置したのが美月だった。しかも、美月は深澤に「処置出来ないなら医者を名乗るな」と、言い放っていたのだ。 5人の指導医は本郷亨（沢村一樹）。本郷は自分の指導について来られる者だけついてこいと厳しい。そこに、ホットラインが鳴る。工事現場の崩落事故で3名の重症者が出たのだ。全員の受け入れを許可する本郷に美月はほっとする。 運び込まれた重症患者に、救命の現場を知らない深澤と桜庭は戸惑うばかり。本郷に応じるのは救命経験のある成瀬。美月と幸保は食らいついて行く。重傷者たちの処置を始めた矢先、崩落現場で新たな重症者が発見されたと連絡が。すでに7件の病院に搬送を拒否されているという。使えない医師ばかりでは無理だと断ろうとする成瀬を本郷が制して受け入れを命令。本郷は先に運ばれた3名を早く安定させれば済む話だと無愛想に言い切る。しかし、新たに搬送された患者の足は重度の損傷を受けてクラッシュ症候群を起こしていた。本郷は美月に切断を指示するが・・・。

朝倉美月（波瑠）は佐野大輔（戸塚純貴）の浮気現場を目撃。いつもと違う美月の様子は、深澤新（岸優太）たちに見抜かれ、成瀬暁人（田中圭）には職場に私情を持ち込むなと言われてしまう。そんな夜、深澤と高岡幸保（岡崎紗絵）は本郷亨（沢村一樹）にウォークイン当番を命じられた。ナイト・ドクターは重症患者だけでなく、昼の診察に行けない外来患者も診る。だが、緊急性のない患者の多さに深澤たちは辟易。 美月もウォークインに入ると、帽子をかぶった男が来る。男が帽子をとると美月の父、哲郎（佐戸井けん太）だった。軽症者が気軽に来るなと父を叱る美月の声は隣の診察室にも届く。そこでは、深澤が鮎川希実（谷村美月）の子供、玲生を診察中。美月の声を聞いた希実は、そそくさと帰ってしまった。哲郎に声をかけた桜庭瞬（北村匠海）は父娘事情を知る。哲郎の妻が13年前に亡くなったと知った桜庭は・・・。一方、美月は舌を噛んだ斎藤篤男（赤ペン瀧川）を治療。 美月が心配な哲郎は寮に押しかけ、深澤の部屋に居候してしまった。そんな時、希実が再び玲生を連れて来た。深澤は玲生に異常を感じるが、この日のウォークインは美月。美月が玲生を診察していると斎藤が救急搬送されたと連絡が入り、そちらへ向かう。斎藤の治療を終え、抱いた不審点を話す美月に、深澤は玲生に黄疸が出ていなかったかと聞く。本郷から診察時の様子を思い出すよう言われた美月は希実の気になる仕草を思い出した。その頃、希実は玲生の診療について、夫の聡（笠原秀幸）ともめていて・・・。

朝倉美月（波瑠）が患者の斎藤篤男（赤ペン瀧川）に襲われた。桜庭瞬（北村匠海）は斎藤を突き飛ばすが、刃物で傷つけられる。幸い桜庭は軽症で、斎藤は成瀬暁人（田中圭）、深澤新（岸優太）に取り押さえられた。 事件は『あさひ海浜病院』などを束ねる『柏桜会』会長で、桜庭の母親、麗子（真矢ミキ）も知るところとなった。救命救急センターに現れた麗子は、息子の身を案じて桜庭にイギリス留学を言い渡す。救急医の初歩的な処置も満足に出来ないのでは、その方が良いと合意する本郷に桜庭はショックを隠せない。美月にそれでも良いのかと促された桜庭は本郷に継続を頼むが、足手まといになるような者は必要ないと再び突き放されてしまう。さらに、主治医、宮本守（利根作寿英）の診察を受けた桜庭は、一週間ほど休みが取れないかと問われる。今休んだら救命から追い出されると桜庭は意気消沈。そんな桜庭に美月は暴漢から救ってくれたことを感謝して救急医療の参考書を渡し、応援していると励ます。 そんな時、急患が運び込まれ、美月たちの処置もむなしく亡くなってしまった。無保険なので早期治療を受けられなかったのだろうと推測する成瀬。本郷も医療だけでは救えない命もあると言う。桜庭は患者の生まれながらの恵まれない境遇を思った。そして、桜庭は美月たちになぜ自分が救急医を目指すことにしたのかを話す。次の日、救命センターに出勤した桜庭は、次週の勤務シフト表から自分の名前が消えていることに気づく。麗子の指示だと言う本郷は、桜庭に転科届けを渡した。

搬送された女性患者を朝倉美月（波瑠）と桜庭瞬（北村匠海）、高岡幸保（岡崎紗絵）が受け入れた。救急隊員に女性、花園詩織（松井愛莉）の恋人が付き添っていると聞いた幸保は驚く。幸保の恋人、青山北斗（竹財輝之助）ではないか。北斗は店の宣伝のためSNSで強力な宣伝力を持つ詩織を利用したが、交際していると思い込まれたと幸保に説明。会うのは最後にしようと言うと詩織が掴みかかったので、ふりほどいたら階段から落下してしまったと北斗は言うのだが幸保は納得出来ない。 目を覚ました詩織は北斗を頼りっきり。本郷亨（沢村一樹）は次々に運ばれる重症患者を美月たちに任せて、幸保には詩織の経過観察を指示した。わがまま放題で、付き添う北斗にこれ見よがしに甘える詩織に幸保のイライラは募る。 心美（原菜乃華）に頼まれた雑誌を内科病棟へ届けに行った美月は深澤新（岸優太）と会う。そこに岡本勇馬（宮世琉弥）が現れ、美月に挨拶。誰だと尋ねる深澤に、美月は心美の彼氏だと言う。だが、初耳の深澤は心美を思い、勇馬に彼女の入院理由を話してしまった。勝手に話したことを危ぶむ美月の不安通り、兄妹に亀裂が走る。 一方、ついに詩織とぶつかった幸保は本郷に早退を申し出た。帰ろうとする幸保を咎めた美月とも激しい言い合いになる。そんな時、ホットラインが鳴り、成瀬暁人（田中圭）が受けた。3名のガス中毒患者受け入れを本郷が承諾。桜庭も休みで幸保も帰ってしまったと人員を心配する深澤に、本郷はお前たちでカバーしろと言い放つ。

朝倉美月（波瑠）は、成瀬暁人（田中圭）が訴えられている事を知った。しかし、訴訟の詳細を成瀬が美月に話す事は無い。以降、成瀬の態度は以前にも増して美月に冷たくなる。患者の治療も、少しでも美月がもたついていると成瀬が奪ってしまう。美月だけでなく深澤新（岸優太）たちも成瀬の変化を感じていた。本郷亨（沢村一樹）は後輩を育てるつもりは無いのかと成瀬に聞くが、自分が処置した方が確実だと譲らない。 これでは救急医としての腕を磨けないと美月は焦る。そんな時、夜はキャバクラで働いているが昼は会社員をしているという患者の話を聞いた美月は、昼間の非常勤救急医の応募病院を調べ始めた。そこに、ホットラインが鳴り、母親の越川法子（紺野まひる）に付き添われた子供、日向（正垣湊都）が運び込まれる。美月と高岡幸保（岡崎紗絵）が処置に迷っていると、またも成瀬に奪われてしまった。日向は一命を取り留めたが、法子を安心させようと「絶対に助ける」と言った深澤にも、成瀬は患者や家族の前で二度とその言葉を口にするなと手厳しい。 美月は八雲徳人院長（小野武彦）に成瀬の訴訟について聞く。八雲は成瀬が手術を担当した子供の母親に訴えられているのだと美月に教えた。その母親、秋山真紀（山本未來）が病院を訪ねて来たため、成瀬が訴訟を抱えていることが病院スタッフに知れ渡ってしまう。一方、日向の疾患原因はなかなか判明しない。本郷は法子が記入した日向の問診票に疑問を持ち、美月と成瀬が法子から詳しく話を聞くことになった。

工場の事故で複数の傷病者が出たと『あさひ海浜病院』にドクターカーの出動要請が入る。本郷亨（沢村一樹）は朝倉美月（波瑠）、成瀬暁人（田中圭）、深澤新（岸優太）たちを現場に向かわせた。深澤が崩れた資材置場を見に行くと重傷を負った作業員がいる。 治療の自信がない深澤は美月を呼びに行き、処置を頼むことに。美月は作業員を助けるため資材の山を登るが、立ちくらみを起こして落下してしまった。しばらく意識を失った美月だが、深澤の呼びかけに目を覚まして作業員の処置を再開する。しかし、全ての傷病者の搬送を終えた時、美月の身体に再び異変が起こる。 本郷は成瀬と深澤に美月の事故原因を尋ねる。深澤は自分が傷病者の処置を任せきりにしたことを悔やみ、成瀬も美月を止める事が出来なかったと責任を感じていた。 美月が事故に遭ったことは病院内でも問題に。本郷は桜庭麗子（真矢ミキ）、八雲徳人（小野武彦）に全て自分の責任だと頭を下げた。