小学六年生の進藤ヒカルは、ある日、祖父の家の蔵で古い碁盤を見つける。その瞬間、碁盤に宿っていた平安時代の天才棋士である藤原佐為の魂がヒカルの意識に入り込んだ。碁を打ちたいという佐為の強い願いに応え碁会所へ足を運んだヒカルは、同じ年頃の塔矢アキラと出会う。そして、ヒカルとアキラとの対局が始まった…。

ヒカルとの対局に衝撃を受けるアキラ。今まで同じ年頃のライバルらしき存在がいなかったアキラは、それ以来ヒカルの繰り出した一手のことが頭を離れず、その存在を強く意識するようになる。一方、佐為のために囲碁教室に通い出すヒカル。そんなある日、子供の囲碁大会に顔を出したヒカルは、佐為の言葉を聞き、対局中に思わず口をはさんでしまうが…。

子供の囲碁大会で、人の対局中に佐為の言葉をそのまま口に出してしまったヒカル。しかし一目見ただけで的確な助言ができてしまったという事実はひそかに波紋を呼んでいた。一方、ヒカルとの一局で負けて以来ずっとそのことが頭から離れなかったアキラは、子供の囲碁大会にヒカルが出ているかもしれないと聞きつけ大会の会場に駆けつける。ところが、囲碁にそれほど興味がないヒカルにアキラの真剣な気持ちが理解できるはずもなく、碁に対して不用意な暴言を吐いてしまう。

なりゆきでアキラの父・塔矢行洋名人と対局することになったヒカルは、名人の輝くような碁石の打ち方に圧倒されつつも、自分もあんな打ち方ができたらと思うようになる。そんな中、ヒカルが次に打った一手は自分でも信じられないほどの輝きを放つ。しかしヒカルは、この一手は佐為が自分のからだを乗っ取って打ったものと思い込み、思わず対局から逃げ出してしまうのだった。

加賀との冬のプール飛び込みを賭けての対局中、通りかかったあかりに気を取られたヒカルは、佐為の指示とは違う場所に石を打ってしまう。気を取り直して対局を続けるヒカルだが、あと半目差で加賀に負けてしまうのだった。しかし加賀と筒井はヒカルの怒涛の追撃に驚き、加賀が筒井に囲碁大会の団体戦メンバーが決まったと告げる。そのメンバーとは加賀、筒井、そしてまだ小学生のヒカルだった。

囲碁大会二回戦、大将の加賀は勝ちをおさめるが、副将の筒井は負け。一勝一敗で勝負の行方は三将のヒカルにゆだねられた。だがここで加賀がヒカルにこの大会で優勝できないと囲碁部は認めてもらえないということを告げる。それを聞いたヒカルは、今の自分の実力では勝てないくやしさに耐えつつ佐為に打ってくれと頼み…。