百花繚乱　サムライガールズ

霊峰富士の裾野に広がる巨大学園、武應学園塾にやってきた柳生宗朗。宿所となる柳生道場を訪れた彼は、そこで真田幸村、後藤又兵衛と出会う。徳川と反目する彼らとの出会いに驚く宗朗。しかし、そこに幸村らを捕えるため徳川生徒会の風紀委員長、服部半蔵が乗り込んでくる。宗朗の機転で何とか脱出に成功する3人だったが、生徒会の執拗な追跡にすぐに追い詰められしまう。絶体絶命――と思われた、まさにそのとき、空に閃光と雷撃が走る。激しい衝撃波の後に彼らが見たもの、それは全裸の少女が舞い降りてくる姿であった…。

空から舞い降りた少女“柳生十兵衛”は襲い来る服部半蔵を一蹴するが、その場に倒れてしまう。トドメをさそうとする半蔵を生徒会副会長、徳川千が静止する。だが目覚めた十兵衛は、先ほどとは別人のようだった…。

体の一部に剣姫（マスターサムライ）の証拠である“しるし”を持っていた十兵衛。だが覚えているのは自身の名前と宗朗が“お兄ちゃん”であるということだけ。宗朗達は十兵衛が何者であるのか、計りかねていた…。

“十兵衛は宗朗とキスを交わすことで剣姫になる”驚きの事実が判明すると、千姫は宗朗に無闇にキスしないようにと厳命を下す。だが、幸村は剣姫を生む力を封印するのは間違いと異を唱え、宗朗にキスを迫るのだった。

突如、道場を襲う轟音。巨大なハンマーが門を破壊する。そこには“愛”の文字が入ったハンマーを携えた幸村の幼馴染・直江兼続がいた。横柄な態度の幸村に襲いかかる兼続だが、剣姫となった幸村には歯が立たず…。

宗朗と千姫は生徒会長・徳川慶彦が神隠しの首謀者ではないかと疑う。2人はその真偽を確かめようと、徳川幕府の全情報が集うデータサーバがある徳川家の別荘に向かうことを決める。そして、秘密裏に旅立とうとする。