嵐をついて進むカーゴシップ。世界を滅亡から救うため、重力炉崩壊の阻止に向かう海兵隊の精鋭グレンファルコン隊だ。しかし、重力炉のある奇械島は、男たちが巨大ロボットを駆って覇を競う、戦国時代さながらの無法地帯と化していた。部隊の生き残りである由木中尉は、そこに、すべてを敵に回して破壊の限りを尽くす魔神の姿を見る。それこそがデスカプリース隊、海動剣と真上遼が操る最凶のロボット“マジンカイザー”だった!!

キバの砦の遠隔制御装置を停止させ、八稜郭に向かった由木は、ガラン軍の総攻撃に遭遇する。その頃、海道と真上は、一足先にガラン城に殴りこみをかけていた。八稜郭の戦いにカイザーの救援は期待できないと知り、由木はある決意をする。一方、ガラン城の海道たちは、ガランとのロボット戦に移行。しかし操縦を買って出た真上が、戦いの中で不可解な狂乱に陥り、マジンカイザーは絶体絶命の危機に立たされる!!

ガラン軍の大攻勢の前に、苦戦を強いられる八稜郭。その刹那、天空より新たなる機神が舞い降りる！ 予期せぬ援軍により、均衡を取り戻したかに見えた戦場で、ついに重力崩壊が始まる…。タイムリミットは残り僅か。海動は真上は、そして我らがマジンカイザーSKL（スカル）は、この未曽有の危機を打ち砕く事ができるのかっ!?