とある村で開催されている「マジカルバトル」の決勝戦に、突如現れた魔法少女パドドゥ。ところが彼女は大事な大会を邪魔するばかりか、なんと優勝の座まで横取りしてしまう。それによって不幸にもハナマルを逃した魔法少女ピピンが、ハナマルを取り返すべくパドドゥを追う。

パドドゥはある日、3ヶ月で12個もハナマルを集めた優秀な魔法少女ミュミュ・ピステリカに出会う。そして彼女と一緒に旅をすることになるが、そこに女王プリルンの部下ズッキーニが現れる。女王の手先がなぜ、二人の元に…??

ノノノンは、いくつもの街を破壊したという、この国のお尋ね者。警察に追われる彼女とばったり出くわしたパドドゥは、なんとノノノンの仲間と勘違いされて警察に投獄されてしまう。それを助け出したのは、お尋ね者のノノノン。彼女は一体何者なんだ!?

女王プルリンを尊敬し、女王のような魔女っ娘に憧れるパドドゥ。しかしノノノンは、そんなパドドゥの夢を意味深そうな言葉で否定する。元魔女っ娘のノノノンは実はプリルンの親友だったのだ。二人の過去に隠された秘密に、ノノノンの言葉の真相も明らかになる。

巨大な木が生い茂る村「ツリー・ランド」。そこにやってきたパドドゥとミュミュは、村で開催されていた「ハナマル争奪、大食い大会」に参加する。パドドゥに対抗意識を燃やすピピンも加えるが、この大会はズッキーニのでっち上げ。体型を気にするミュミュを太らせる目的は達成されるのか！

警察署に、マスタードの田舎から「ヘケサモケサ」という、でろでろの気持ち悪い生き物が届く。彼女の田舎ではご馳走らしいが、あまりの気持ち悪さにケチャップは体調と機嫌を激しく悪くしてしまう。マスタードはなんとかケチャップを喜ばせようと画策するが、どれも失敗ばかりで…。