純粋培養の乙女達が集う、私立リリアン女学園。清く正しい学園生活を受け継いでいくため、高等部には『姉妹（スール）』と呼ばれるシステムが存在していた。ロザリオを授受する儀式を行って姉妹になることを誓うと、姉である先輩が後輩の妹を指導するのである。 高等部に進学して、まだ姉を持っていなかった祐巳は、憧れの「紅薔薇のつぼみ（ロサ・キネンシス・アン・ブゥトン）」である二年生の祥子から、突然の姉妹（スール）宣言をされるが・・・？

祥子からのスールの申し出を断った祐巳。だが彼女は祥子の境遇を無視しておくことができず、学園祭の日まで芝居の稽古に出ることに。 ある日の放課後、音楽室でピアノを弾こうとする祐巳に、祥子が近づき連弾することになってしまう。さらに祐巳は白薔薇さま（ロサ・ギガンティア）の紹介で、芝居の稽古場でのデビューを果たす。 平凡だった祐巳の学園生活は波乱に富んで・・・。

シンデレラ劇の王子様役で、花寺学院の生徒会長 柏木が登場。 学園内に響く祥子の悲鳴。祐巳と薔薇さま達が駆けつけると、そこでは柏木と祥子が口論していた。柏木が祥子の婚約者であることが判明するが、祥子はその場を飛び出して古い温室に 駆け込んでしまう。祐巳は祥子を追いかけて・・・。 祐巳と祥子、2人は姉妹（スール）になれるのか？

祥子の妹として山百合会の一員に迎えられる祐巳。 学園の新聞「リリアンかわら版」で令と由乃が「ベスト・スール賞」に選ばれたその矢先、当の彼女達が突然破局・・・由乃がロザリオを令に返してしまったから大変。令と由乃にならって次々と”破局”する姉妹（スール）が相次ぎ、「リリアンかわら版」がこの事件を『黄薔薇革命』と騒ぎ立て学園内は大騒ぎ！

祐巳は病院に入院した由乃を見舞い、由乃から令にロザリオを返した経緯を聞く。ショックを受けながらも学園で剣道の稽古に励んでいた令だが、由乃が入院したと聞くやいなや病院に駆けつけようとする。だが祐巳は由乃の真意を伝え、令を引き止めるのだった。 令の剣道の試合と由乃の手術を経て、彼女たちは関係を修復できるのか？

一月の末に次期生徒会役員の選挙があり、選挙の結果によってはつぼみであっても山百合会幹部＝薔薇さまになれないシステムを知って驚く祐巳。「ロサ・カニーナ」と呼ばれる生徒が生徒会役員に立候補する噂を聞いた祐巳と由乃は、一年生ながら立候補しなければならない志摩子を想い、情報を仕入れることに。祐巳は図書館の植物図鑑で「ロサ・カニーナ」という薔薇を調べようとするが、そこにその花について知る上級生が近づいてきて・・・。