海底火山の噴火で新たに隆起した秋の島、新島で一人の少年が発見された。彼は東京の病院に収容されるが、記憶喪失のため身元が判明しない。一方、ニューヨークでは、六人の謎の男たちがこの少年の動向に注目していた。男たちが「マーズ」と呼ぶこの少年は一体何者なのか？ そして、この男たちの正体は？ 既に人類の運命を破滅へと推し進める巨大な歯車が回り始めていた。だが、それに気付いた者はまだいない…。

秋の島、新島で発見された少年は自らを「マーズ」と名乗った。政府及び防衛庁は、少年の身柄を東千歳駐屯所に移し、本格的な身元調査を開始する。しかし、そんな彼らを待ち受けていたのは、第2神体オルトスの奇襲攻撃だった。次第に明らかになる事件の真相。それは地球存亡の危機に関わる巧妙に仕組まれた計画だった。果たして、人類の運命はいかに…？