これは、人と妖 (あやかし) が共存していた時代の物語である。人間と妖の間には、千年もの永きに渡る怨念が存在していた。この世の平和を守るために、己の能力を駆使し、命を懸けて戦う者。天文を読み解き、陰陽二つの世界を自在に行き来する異能者を世の人々は敬意をこめて「陰陽師」と呼ぶ。源家の陰陽師でもある源頼光は、妖を根絶やしにするため、作り出したという武器･鬼切と妖刀姫を伴い、酒呑童子と茨木童子がいる大江山退治に乗り出す。一方、妖との共存を望む稀代の陰陽師･晴明は、妖である玉藻前に依頼され、源氏一族の真相を調べ始める。陰陽二つの世界に共存しつつも、決して相容れぬ存在の人と妖。人と妖は対立し続けるのか。それとも共存することができるのか…はたして、その答えは…。