ある夜、メダルハンター・怪盗レトルトが、レアメダルを奪っていった…。イッキとアリカの学校の校庭では、スクリューズの親分・キクヒメと生徒会長のメダロットがロボットバトル・ロボトルを始めていた。メダロットを1台ももっていないイッキは偶然、川の中からメダルを拾った。そしてコンビニの店員・ヒカルから、初期型のメダロット・メタビーを売ってもらった。

やっと自分のメダロット・メタビーを持つことができたイッキだが、メタビーは、マスターであるイッキの言うことをきかない。イッキは、不良品だとヒカルに文句を言うが、メダロットとマスターの性格の不一致は、メダルに原因があるらしい。

ミスターマッスルと呼ばれるオトコヤマは、メダロットを目の敵にしている。ロボトルなんかやっている暇があったら体を鍛えろ！とばかりに、地獄のしごきを課す。ある日、イッキはテストでどうしようもない点数を取り、オトコヤマの楽しいクラブ活動に招待される…。

負け知らずのメダロットを操る、伝説のメダロッターが花園学園にいるらしい？という噂をアリカは聞きつけた。早速アリカは、どんな奴かを調べるため、イッキとメタビーとともに花園学園へ乗り込んだが…。

メタビーを連れて、海へやって来たイッキとアリカ。海水が塩水であることを知らなかったメタビーは、錆びてしまうとイッキに文句を言い、ふたりはケンカになる。そこへ地元の3人組がやってきて、この海岸には怪物が出て危険だから、よそ者は帰れ！と言って去って行った。

特ダネを探して、ブラスと歩いていたアリカは、宇宙人を目撃。その証拠写真をイッキに見せるが、うそ臭いと信じてもらえない。そこで、アリカはメタビーをおとりにして、“宇宙人おとりホイホイ作戦”で、宇宙人を生け捕りにしようと考えた。