ある雨の夜、宿場町の老舗宿に一人の女が訪れた。その女･志乃は一晩の投宿を願うが、宿の女将･久代は志乃にやっかいごとの臭いをかぎ取り、なかなか首を縦に振らない。「泊めてもらえないと自分とおなかの子は明くる日にも命を奪われてしまう」という志乃の必死の願いに根負けした久代は、志乃を普段は客を泊めない曰くありげな部屋に通すのだった。その部屋で怪異が起こる…。

あかずの間の怪異の原因はモノノ怪「座敷童子」だった。薬売りの男は退魔の剣を抜くために久代たちから座敷童子の真と理を得ようとする。女将の口から、かつてこの宿屋が女郎屋であったこと、多くの女郎たちが「開かずの間」でやや子を堕ろしたことが語られる。志乃とその胎内のややこを狙う座敷童子の理とは何か・・・？

江戸に向かう大型商船「そらりす丸」。その船上には、自称「呪術師」の柳幻殃斉を始め、一癖も二癖もある人々が集っていた。ある夜、そらりす丸は突然規定の航路を外れて居場所を見失ってしまう。何者かの手により羅針盤が狂わされていたのだ。そして、そらりす丸の数倍はあろうかという巨大な戦船 (いくさぶね) が現れ、人の首の姿をしたアヤカシの群れが乗客たちに襲いかかった。

自らの夫、姑を始めとする佐々木家一家惨殺の咎で死罪を申しつけられ、牢につながれている女･お蝶。お蝶による佐々木家一家惨殺事件の背後にはモノノ怪が存在するとあたりをつけた薬売りの男は、お蝶が幽閉されている牢屋に姿を現わした。お蝶を追求する薬売り、しかし能面をまとった男が現れ、お蝶を牢屋から連れ出そうとする。