近くにはコンビニもなく、あるのは田畑ばかり。典型的な田舎町・奥木染の穂見学園に転入した悠は、和やかな雰囲気のクラスに早くも溶け込んでいた。一方、妹の穹は体が弱いため登校出来ず、一人で悠の帰りを待ち詫びる日々を送っていた。ある日、奈緒を自転車の後ろに乗せている悠の姿を目撃した穹は、その夜、悠に…。

制服が出来上がらないため、登校できない穹。ある朝、「蚊が出た！」と大騒ぎする穹のせいで疲れていた悠は、瑛から「蚊帳余ってるからあげる」と言われ、放課後に叉依媛神社に行く約束をする。このことをきっかけに瑛に興味を持った悠が彼女を観察していると、一葉が何くれとなく瑛の世話を焼いていることに気付き…。

瑛と一葉の関係を誤解していた悠だが、一葉から瑛とは異母姉妹であること、一葉の父親が瑛を認知しないために瑛が苦労していることを告げられる。一葉の苦悩を知りながら、彼女を気遣っていつもどおりの態度で接する悠。そんな彼の優しさを感じた一葉は、海水浴で二人っきりになったことをきっかけに悠に惹かれていき…。

瑛が過労で倒れた。悠に夢中になって瑛が疲れていることに気付かなかった自分は、父親と同じだと、ヴィオラの練習も、悠のことも放り出して瑛の面倒を見ようとする。だが一葉の気持ちに気付いてていた瑛は、一葉が無理して自分の面倒を見ようとする理由は父親を責めたいからだということ、そしてその父親は自分には優しかったことを伝える。一方、やひろから一葉の父親のことを聞き出した悠は、自室でふさぎ込む一葉に誕生日プレゼントとメッセージカードを届ける。そして夏祭り当日、悠の前に姿を現わした一葉は、父親が神楽舞に臨む瑛の頭を撫でているのを見て、真実を察するのだった…。

瑛に彼女と一葉が腹違いの姉妹であることを打ち明けられた悠。そんな深刻な真実を打ち明けつつも、笑顔を絶やさない瑛の明るさと強さに、悠は惹かれていく。その日の夜、瑛と子供のころに出会っていたことや幼い瑛が母親のペンダントをなくしてしまったことを思い出した悠は、一緒にペンダントを探そうと瑛を誘うが…。

瑛から別れを切り出された悠。大切な人を次々と失ってしまった瑛は、悠も離れてしまうのではないかと考えていたのだ。だが「永遠になくならないものはあるよ！」という悠は、一葉にすべてを打ち明けてDNA鑑定を申し入れる。そして悠からDNA鑑定を行なうと告げられた瑛は、一葉や悠と鑑定結果を聞く約束をするが…。