14歳の少女･大戸アイは、深夜の散歩の途中で出会った謎の声に導かれ、不思議な「エッグ」を手に入れる。「エッグ」を持て余していたアイが、翌日昨夜の場所に再び向かおうと玄関のドアを開けると、そこはなぜか、どこかの学校の校舎に繋がっていた。不気味な雰囲気漂う校内の様子に戸惑い逃げ込んだトイレで、アイは謎の声に促され、ついに「エッグ」を割ってしまう……。

アカと裏アカの声に導かれ訪れた地下の庭園で、エッグを大量に購入する少女・青沼ねいると出会ったアイ。同じ境遇の相手に興味津々のアイだったが、ねいるからは関わりを避けられてしまう。また独りエッグの世界に挑むアイ。次のエッグの中から現れたのは、レオタード姿の鈴原南という少女だった。戦いに挑むアイに、アカと裏アカは「ワンダーキラーを倒せ」と告げる。

リカが戦線を離脱したことで、ミコとマコを守りながら独り戦うことになってしまったアイ。押され気味の戦況に挫けそうになるアイに、ミコとマコは協力を申し出る。一方、別のエッグの世界では、アイたちと同じように戦う沢木桃恵の姿があった。桃恵の凛々しさにほのかな恋心を抱くエッグの中の少女たち。しかし少女たちの感情は、桃恵にとある過去の出来事を思い出させ……。

エッグをきっかけに出会い、友情を深めていくアイ･ねいる･リカ･桃恵の4人。日々戦いに臨む4人の中でも、ねいるは人一倍多くの戦いに身を投じ、様々な思いを抱えた少女たちと出会ってきた。物事を冷静に、論理的にとらえてしまうため、彼女たちの思いをうまく理解できずにいたねいる。ある日、ねいるはリカ･桃恵と共にアイの家に遊びに行くことになるのだが……。

戦いに慣れつつある4人の前で、ミテミヌフリの一部が突然「アンチ」へと姿を変える。アンチが狙いを定めたのはエッグの中の少女ではなく、アイたちだった。新たな敵の出現に苦戦する4人に、アカと裏アカはとある「お助けアイテム」を渡す。エッグの世界での戦いが徐々に変化する中、現実世界ではアイの母・多恵が持ち掛けたある提案が、アイの心を大きく揺り動かす。