ワールドウィッチーズ発進しますっ！

1945年初秋、再び渡った欧州でネウロイに襲われた宮藤芳佳の危機を救うべく再結集した第501統合戦闘航空隊の仲間たち。だが、再結成が正式に決定するまでには時間が掛かるため、みんな再び別れて独自の活動を続けていた。そんな中、戦意高揚のため宮藤の記録映画が作られる事になるのだが…。再び、彼女にとって想定外な戦いの日々が始まる！

佐世保の航空予備学校に通って、一人前のウィッチになる訓練を受けている雁淵ひかり。いまいち魔法を上手く使えず、おちこぼ…の彼女には、扶桑の英雄として有名な自慢の姉、孝美がいた。そんなある日、孝美と一緒に東欧に派遣されるウィッチを一名、ひかりの学校から選出する事になる。それを知り、選抜試験に応募するひかりだが…。

501部隊の再結成が頓挫しそうだとミーナから聞いた宮藤は、他のメンバーの元へ向かい、助けてくれた恩返しと再加入の説得を行う事にする。そして、映画のためにその様子を撮影しようと、彼女に同行するバルクホルンとハルトマン。彼女たちはまず、パ・ド・カレーの屋敷に戻っているペリーヌとリーネの元へ向かうのだが…。

孝美が配属される事になった第502統合戦闘航空団。そこでは扶桑海軍の管野直枝や、いつも不幸に見舞われるスオムス空軍のニッカ・Ｅ・カタヤイネン、カールスラント空軍の“ニセ伯爵”ことヴァルトルート・クルピンスキーといった個性豊かな隊員たちが（日々の生活と）戦い続けていた。扶桑から雁淵孝美が来るのを心待ちにしている彼女たちだが…。

不慮の事態で孝美が扶桑に戻されてしまったため、一人でオラーシャ帝国に来てしまうひかり。ラルたちの会話から502部隊の窮状を知った彼女は、孝美の穴埋めとして部隊への入隊を申し出て、（無事に？）認められる。そして、部隊にふさわしい一員となるべく、先生役となるロスマンから訓練を受ける事になるのだが…。