松谷修造、通称シュウは、夕暮れ時、廃工場の煙突のてっぺんに少女が座っているのを目撃する。自分しか登れないと思っていた煙突になぜ少女が…。好奇心にかられたシュウは、隣の煙突のてっぺんに登り、少女に話しかける。しかし、少女が口にしたのは、ララ・ルゥという自分の名前だけ。それでもシュウは懸命に話しかけ、二人は次第に打ち解ける。その時、辺りの空間が突然歪み始め、もう一本の煙突に謎の女性の姿が現れた。「ララ・ルゥ、逃がさない！ ゆけ！」。その女性の発した命令とともに、ララ・ルゥを襲い始める巨大メカ！　シュウはララ・ルゥを助けたい一心で無謀にも、棒きれ一本でメカに立ち向かっていくのだった。

約五十億年後の世界にやって来たシュウは要塞都市ヘリウッドにいた。ララ・ルゥとはぐれたシュウは要塞の中を迷い歩くうち、少年兵ナブカとブゥに遭遇し逃走する。少年兵タブールに捕まり、ヘリウッドの統治者ハムドの部屋に連行されるシュウ。ララ・ルゥのペンダントをシュウが持っていると思い込んでいたハムドは…。

シュウは牢獄でララ・ルゥに間違えられ拉致された少女サラと出会うが、すぐに尋問室へ連行される。拷問を受けても、知るはずのないペンダントの在処を白状しようがないシュウは、塔の外に吊るされる。同じ頃、敵国がヘリウッドに攻め入って来た。戦闘態勢に入り、多くの兵が出撃していくが、敵の進攻を停められず…。

ペンダントについて何も知らないと判断されたシュウは、少年兵としてナブカたちの隊に組み込まれた。その夜、シュウはタブールたちに倉庫へ連れ出され、リンチに遭う。気づいたナブカは仲裁に入ろうとするが、その現場を教官に目撃されてしまう。タブールは仲間を傷つけた罰として、ムチ10発の刑に処せられる。

メインタワーに忍び込み、ハムドの部屋に押し入る二人の暗殺者。ハムドはそのうちの一人を射殺するが、もう一人はハムドの部屋から逃げて行方をくらます。全兵士に捜索命令が下り、捜索にあたっていたシュウたちは、倉庫内で暗殺者にブゥを人質にとられる。ナブカは一瞬のスキを突いて、暗殺者の胸に銃弾を撃ち込む。

サラは屈辱に耐え切れず、油断を突いて兵士に殴りかかる。兵士は息絶え、ヘリウッドを脱出するサラ。一方、遠征隊に組み込まれた少年兵たちは、ヘリウッド出発後、ある村にたどり着く。大人の兵士とともに作戦行動に入る少年兵たち。ナブカはシュウに対し、これから起こるのは戦いではなくもっと酷いことだ、と告げる。