刑事の氷川誠は、人間業とは思えない不可解な連続殺人事件を追っていた。一方、一連の事件に呼応するかのように、水泳選手の葦原涼、記憶喪失の津上翔一という二人の青年の身体に異変が起こる。そして捜査をすすめる誠は、異形の生物に遭遇する。

息子に続きその両親も奇怪な手口で殺された事件の手がかりは一枚の写真。誠たちは、そこに不思議な現象が写っているのを発見する。G3が戦った相手はアンノウン(正体不明)としかいいようがない存在だった。また、それを倒した「アギト」と呼ばれる存在の正体も謎のまま。そして、またしても同じ手口の事件が発生する。

縄文時代の地層から死体が発見される。掘り起こして埋めた形跡はなく、警察は正体不明の相手(アンノウン)の仕業と推定する。一方、翔一は理由のわからないまま自分の内なる未知の力におびえていた。戦わなくてはいけない相手がいるが、自分の力を制御できない…人々を襲い続けるアンノウンを前に、悩む翔一。

変身を真魚に見られた翔一は、置き手紙を残し美杉家を出る。心配する真魚に美杉が語る翔一の過去。一方、誠は「超自然的現象」が事件の鍵ではないかと注視し、その道の権威である美杉教授を訪ねる。そこで誠は、彼がアギトとも知らず翔一と出会う。

涼の身体に起きる異変はますます悪化の一途をたどる。信頼していたコーチにも裏切られ孤独な涼は、かつて自分の身勝手で別れた恋人･真由美のことを想う。その頃、真魚の家庭教師として美杉家に呼ばれた真由美は、翔一とめぐり逢い…。

アンノウンの最初の犠牲者は真由美の父親だった。「おれがついてる、おれが守る」と誓う涼だが、真由美を執拗に狙うアンノウンから彼女をかばった時、真由美は異形の化け物に変貌を遂げる。一方、氷川誠がG3の装着員に選ばれたことを激しく妬む北條透は、誠の過去を突き止め…。