常磐ソウゴは、ごく普通の高校三年生。少し変わっているのは、夢が「王様になる!」であること。そんなある日、いきなり現れた不思議な青年が予言のようにこう告げた。「おめでとう。今日は君にとって特別な一日」。そして、青年の言葉どおり、ソウゴは巨大な赤いロボットに襲われる。そのロボットはなんとタイムマシーンで、ソウゴは様々な時代に飛ばされて――。2000年、平成ライダーと同じ年生まれの運命の少年、ソウゴの戦いが今、始まる―――!

ソウゴに襲いかかる未来人ゲイツ。同じく未来から来たという少女ツクヨミが、また助けてくれる。ソウゴにとっては、一体何が何だか。ウォズと名乗るあやしい予言者も、ソウゴにつきまとう。怪人、アナザービルド。倒すキーワードは「仮面ライダービルド」戦兎たちに会おうと、Nasitaに向かったソウゴが見たものは・・・？

未来から来たというゲイツ、ツクヨミとの不思議な同居生活が始まった。彼らはしっかり学校にまで付いてくる。学校では「誰もクリアできないゲーム」が流行っていた。謎を追ううちに、出てきた「天才ゲーマー『M』」のうわさ。ソウゴたちが出会うのは・・・？新タイムジャッカー、オーラも登場！

ゲイツとツクヨミが女子生徒連続失踪事件を追って、天の川学園高校へ向かった。ソウゴも一緒について行く。アナザーライダーが事件に関わっているのではないかとの疑いだった。学校内で、やはり現れたアナザーライダー。変身して戦うソウゴたちに、歓声を上げる生徒。なんと、この高校には「仮面ライダー部」があるという・・・！