何者かにより、52枚のカードに封印されていたアンデッドが現代に甦った。人類基盤史研究所･BOARDが開発したベルトを使い、仮面ライダーギャレンと仮面ライダーブレイドに変身した橘と剣崎は、アンデッドを再び封印するために戦っていた。そんな彼らの前に現れた白井は、仮面ライダーについて取材させろと言う。

「橘さんが裏切ったなんて」という剣崎の叫びもむなしく、戦いを静観し、背を向けて去る橘。BOARDはアンデッドによって壊滅させられた。本当のことも知らず、何のために戦ってきたのか? 剣崎は深い絶望から立ち直れないでいた。その頃、新たなアンデッドが出現。少女、天音が危険にさらされていると聞いた始は…。

剣崎たちの前に現れた、バーチャル映像の烏丸。栞がコンタクトを取ろうとアクセスを試みるが、うまくいかない。一方、橘は自分の身体を襲う痛みに悩まされていた。同時に起こる破滅のイメージ、まるで自分の体が砕け散るような…。それは、ライダーに変身することと関係があるのか?

始の部屋に降る銀の粉、それはアンデッドからカリスへの挑戦状なのか? 橘の不調はライダーシステムの不備によるものだと聞いた剣崎。このまま戦い続ければ、俺の身体もボロボロになるのではないかと、不安がよぎる。一方、栞は橘の「烏丸たちが封印を解いた」という言葉が気にかかっていた。

謎のライダー、カリスは敵なのか? その正体である始は、遥香と天音と一緒に住んでいるのだが、真意はわからない。死んだ人の声が聞こえるという洞窟へ出かけたいと、虎太郎にせがむ天音。剣崎も一緒に出かけると、そこにはアンデッドが。一方、橘は日々限界に近づいていく己の身体に怯え、誰に対しても心を閉ざしていた。

始がカリスではないかとの疑惑を持ったまま、ブレイドはギャレンを止めるため立ち向かう。戦い続けることだけが破滅から逃れる唯一の方法と信じているギャレンはそんなブレイドに対し、攻撃の手をゆるめない。そんなころ、カリスに呼びかけた謎の男が新たな動きを始める。剣崎、橘に迫る第三の脅威の正体とは?