俺の脳内選択肢が、学園ラブコメを全力で邪魔している

茨城県水戸市で暮らす高校生の主人公甘草奏は、自ら『絶対選択肢』と名づけた呪いに行動を支配され、イケメンながらも、変態且つ残念な行動を取る日々を強いられていた。学校では超個性的なクラスメイト、雪平ふらのや遊王子謳歌に振り回され、ラブコメとは程遠いガッカリな生活を送る奏。そんなある日、またも奏の脳内にとんでもない選択肢が現れた！彼が自ら選んだ選択の結果、空からとんでもないものが落ちてきて・・・・・・

奏が選んだ選択肢により、空から落ちてきた謎の美少女・ショコラ。どうやらショコラは、奏を苦しめる呪い『絶対選択肢』と何か関係があるらしく、奏はショコラを家に住まわせ、同棲生活を始める。そんな中、奏の携帯にあるミッションが届いた。それはクラスメイトの『雪平ふらのを笑わせること』。毒舌で冷徹、無表情で変態発言を繰り返すふらのを笑わせるのは、至難の業。だが、同じ呪いにかかった経験のある宴先生は、クリアしなければ「マジでヤバい」という。奏は滅多に笑わないふらのにどう立ち向かうのか？

冷徹家・雪平ふらのを笑わせるという難ミッションを何とかクリアした奏。すると、すぐに次なるミッションが！それは「柔風小凪のパンツを着用された状態で目撃せよ」。奏はためらいつつも、ミッションを遂行しようとするが、小凪にはごつい親衛隊がついており、近づくことさえ厳しい。そんな中でも何とか小凪に接触する奏だが、そのやさしく純粋すぎる小凪の姿を目の当たりにし、こんな子のパンツを見ようとしている自分が許せなくなる。しかし、ミッションの期限はだんだん迫ってきて・・・・・・

自ら学業補助ペットと称し、勝手に奏の学校にくっついてきてしまうショコラ。かわいく人懐っこいショコラはクラスメイトに囲まれ、大人気。そんな中、またも『絶対選択肢』が現れた。ただ、今回決定的に今までと違うのは、どちらもいい選択肢である。奏は怪しみつつも、期待に満ちて、『ハーレムタイムに突入』の選択肢を選ぶ。すると、奏と付き合いたいと迫る生徒が次々と現れて・・・・・・だが、それは奏の期待に反し、腐女子・ショコラを喜ばせる別の意味の『ハーレムタイム』で・・・

新入生歓迎会の最大のイベント、対抗戦に出場することになった奏。これは、学園人気投票の表ランキングと裏ランキングの代表5名が様々な種目で戦い、その勝敗を決めるというもの。イケメンなのに残念な奏をはじめ、ふらの、謳歌らは、もちろんダメな方の裏ランキング、別名『お断り5』のメンバーとしての出場。もう一人足りないメンバーを探していると、奏の幼なじみであり、周りの全ての人間を「お兄ちゃん、お姉ちゃん」と勝手に慕う妹キャラ・箱庭ゆらぎが海外から帰ってきて、ゆらぎもメンバーの一人に加わるのだが・・・

対抗戦に出場する女子全員から『好き』だと言わせるという、困難なミッションを与えられた奏。謳歌とゆらぎは難なくクリアするも、残るは、ふらの、清羅、小凪、絢女の超難関の4人。そんな中、奏は絢女の巨乳に関するとんでもない秘密を知ってしまう。さらに、冷徹なふらのが『しろぶたくん』というマスコットキャラの熱烈なファンだと知り、奏は、猛暑の中、自らしろぶたくんの着ぐるみを着て、ふらのに「すき」と告白させる作戦に出るのだが…。