重度の中二病中学生・市川京太郎には殺したい女がいる。クラスメイトの美少女・山田杏奈だ。市川は山田の美しい死体姿を妄想し、自己嫌悪を繰り返す毎日を送っていた。ある日、市川にとっての聖域・図書室に行くと、なぜか大口でおにぎりを頬張る山田の姿が。思いもよらない出来事に動揺を隠せない市川。さらに山田は授業の資料を作り出すも、切るものが見当たらない様子。またしても予想外の行動に出る山田に市川は……。

数少ない居場所である図書室に、市川はまたしても山田の侵入を許してしまう。しかも今日の山田は“練って美味しい”アノお菓子を持ち込んでいた。ウキウキ顔で袋を開ける姿に、市川の心のツッコミが止まらない！ また蒸し暑いある日の図書室では、暑がりの山田が市川の扇子で顔を仰いでいた。扇子からいい匂いがするからと、市川にも嗅がせようと手招く。市川がおずおずと扇子に顔を近づけると、そこには衝撃的な光景が。

モデルをしている山田は、同級生男子の注目の的。思春期まっさかりの足立翔は、友達の神崎健太・太田力と共に「女子にエッチなことを聞く」ゲス・オブ・ゲスゲームをおっぱじめていた。山田やその親友・小林ちひろ達女子に、声をかけようとする足立。山田にそんなことを聞くなと、市川も冷や汗をかきっぱなし。さらに足立は市川に、山田へメモを渡してほしいという。メモの中身は下世話な内容に違いない。どうする市川――!?

山田への気持ちに気づいた市川。今まで以上に彼女の姿を目で追っていると、同じように山田のことを気にしているクラスメイト・金生谷倫が目に留まる。彼女は山田の鼻にバスケットボールをぶつけた張本人。気まずくて、まだ謝ることができずにいたようだ。山田の友達・吉田芹那と共に、山田と金生谷の様子を見守るが……。そして放課後、市川が新品の自転車で帰宅していると再び山田と遭遇。しかも、「乗せてって？」と頼まれて――!?

職業見学に向けてクラスではグループづくりの真っ最中。市川は足立に誘われるも、人数の問題を建前に山田ら女子と合流しようということに。運よく山田と同じグループになれるかと喜ぶ市川だったが、関根主導で女子による男子の容赦ないドラフト会議が始まる……。さらに放課後、市川は図書室で山田と原さんが楽しそうに話しているところに遭遇。萌えマンガ的な空気が醸し出されるも、話題は恋バナ。会話が気になって仕方ない！

職業見学の帰り道、市川と山田は電車に乗り遅れてグループからはぐれてしまう。みんなに声をかけなかった自分のせいだと思わず泣いてしまう山田。そんな山田に市川がとった行動は……。そんなドキドキの職業見学から数日後、市川は掲示板の前で深刻な顔をした山田を見つける。視線の先には「図書室で飲食禁止」の張り紙が。お菓子を食べられないなら山田が図書室に来る理由もない。つまり……2人の時間も終わりってこと!?