かつて東京湾と呼ばれた海上に建設された「ヌーベルトキオシティ」。だがロボットを使った凶悪な犯罪も増えていた。そこへ颯爽と登場したのが噂のロボットヒーロー「マイトガイン」。正体不明のマイトガインは、旋風寺コンツェルンの若き総帥である旋風寺舞人が進める「勇者特急計画」に基づくロボットたちだった…！

日本を正しき江戸時代に戻し支配しようと目論むショーグン・ミフネ。政府を降伏させるため、ミフネは鉄道網を切断すると宣言。手下の剣豪であるコジローに怪ロボットを与え、剣で鉄道を文字通り切断させ始めた。事件を聞いて現場に急行した舞人は、修学旅行の途中でネオ東海道新幹線に乗っていたサリーと再会するが…。

友人のジャスティス大統領にVIP用特別列車をプレゼントした舞人。そのニュースを見たホイは、自分のVIP用列車を断って旋風寺重工を選んだ大統領に腹を立て、大統領に敵意を抱く過激派に手を貸すことにする。その頃、大統領と再会した舞人は、大統領から過激派の活動が活発になったことを聞いて警戒を強めるが…。

ウォルフガングはマイトガインを倒すべく最適のパイロットを選出しようとしていた。そんな中、舞人はチンピラに絡まれていた男を助けようとするが、その男はチンピラをノックアウトして無言のまま立ち去ってしまう。その男、エースのジョーに注目したウォルフガングは彼を呼びとめ、パイロット候補としてスカウトするが…。