とある夏の日。中学一年生の八坂一は、学校の自由研究としてイチゴ爆弾を作った。このイチゴ爆弾、見た目はイチゴそっくりだが、実は弾けるキャンディーと一緒に大量の一味唐辛子と山椒、コショウ、そして練りワサビとカラシの粉末をミックスして詰め合わせたとんでもない代物。一はこのイチゴ爆弾をイチゴショートケーキに仕掛け、常日頃から彼がいけすかないと思っている山代という男に食べさせようとする。しかし、一が目を離した隙に、イチゴ爆弾を仕掛けたケーキが誰かに持ち去られてしまう…。

夏休みを祖父の家で過ごすために田舎へとやってきた中学一年の少年・八坂一。道に迷って困り果てていた彼は、一休みしようと喫茶店・方舟に入る。そこでウェイトレスとして働いている“あらし”という年上の女の子に一目惚れをする。たまたま隣の席に座っていた地元の中学生・上賀茂潤にあらしの素晴らしさについて熱弁を振るっていると、店にサングラスを掛けた強面の男やってきた。私立探偵だと名乗るサングラスの男は「身内の人が探している」と告げると、無理矢理あらしを連れ去ろうとする。

あらしに連れられ過去の世界を目の当たりにした一だが、それでも時を超えたという実感がなく、また彼女の自分は幽霊だという言葉にも半信半疑。ひょんなことから潤とともに方舟でアルバイトすることになったものの、仕事中もずっとあらしのことが気になっていた。そんな一は、潤に「見ず知らずの人にいきなり居候させてくれというなんておかしい。女には裏があるんだから気を付けろ」と忠告され、ますますあらしのことが気になってしまう。

相性の合った相手と“通じる”と、その力を借りて時間を跳ぶことができるあらし。そんなあらしの秘密を知り、彼女の力になることを誓った一だったが、いまだに彼女が幽霊だということは信じられずにいた。そんなある日、一たちは、黒髪の女の子を主役にした自主映画を撮影したいという学生達に協力することになる。あらしとともに撮影場所となる大倉山高等女子校を下見に行った一と潤は、そこで戦時中に写された一枚の写真を見せられる。そこにはあらしと、カヤという金髪の少女が写っていた。

カヤは60年前のあらしの友人だった。彼女もあらしと同じくタイムトリップの能力を身につけ、現在にきていたのだ。再会した彼女は、あらしと同じく方舟でウェイトレスとして働くことになる。 そんな折、潤は仕事中に頭からミルクを被ってしまい、着替えることに。マスターが用意した服に着替えた潤。その衣装とは…!?

女性を冷めた目で見つめ、常に一定の距離を置いて接している潤。そんな潤の態度を見て、カヤは潤の手を握り自分の方へ引き寄せた。次の瞬間、繋いだ手から閃光が走り、二人は昭和20年の喫茶店・方舟へとタイムトリップしていた。カヤは、自分と“通じて”時を越えるためには、ある条件を満たさなければならないことから、これまで潤が隠していた秘密に気づく。