１９９６年、塾講師・戸川（宇野祥平）が元教え子で軽度の精神障害がある阿久津（野田洋次郎）に殺害される。２年後、窓際刑事の平良（吉岡秀隆）は刑事課長・井筒（和田正人）から部下の大矢（高杉真宙）とともに、姿を消した阿久津の再捜査を命じられるが、平良も何か問題を抱えている模様。――スーパーの店員・豊子（瀧内公美）、孤独な少年・波留（小谷興会）、関係ないように見えた者の運命が交錯し、事件は再び動き出す！

戸川殺害の動機を探る平良と大矢は、中学生の時に阿久津（原田琥之佑）が起こした傷害事件を皮切りに、関係者に聞き込みを重ねるが謎は深まるばかり。一方、自宅に阿久津をかくまう豊子は、元夫の杉浦（柏原収史）と再会するが、その心は読めない。その頃、家庭の事情で波留が林間学校に行けないと知った同級生の桜介（小林優仁）は波留を案ずるが……。空腹で住宅街をさまよう波留は、阿久津と思いがけず出会うことになり――。

平良と大矢は阿久津の元妻・実和（朝倉あき）から話を聞き、阿久津が戸川を心から慕っていたことを知るが、戸川殺害の動機は一向につかめない。平良たちはついに、聴取を拒否しているという阿久津の母・栄子（キムラ緑子）から話を聞こうと考える。一方、阿久津に心を許し始めた波留は、豊子のいない間に阿久津を訪ねるようになるが、その場面を桜介が目撃してしまう。そんな中、平良の私生活に思いがけない悲劇が降りかかる――。

平良の息子・孝則（坂元愛登）が取った行動は平良の心に重くのしかかる。妻・澄子（映美くらら）との対話を通し、平良が己の振る舞いを見直そうとする中、大矢は戸川塾の元生徒・幸子（坂東希）との接触を果たす。そして、戸川塾の生徒の保護者も入会していた「親の会」の存在に行き着くが、平良と大矢は戸川事件の担当を外されてしまい……。一方、阿久津が放った一言が豊子を狂気へと駆り立てる。平良がたどり着く真実とは――。

波留の願いを叶えるため、危険を冒そうとする阿久津――その想いを知り、豊子はある行動に出る。念願の地・日光を目指す阿久津と波留だったが、２人の前にある人物が立ちはだかる。一方、平良と大矢は再び栄子の元を訪ね、事件の闇に迫っていくが……。奇妙な巡り合わせで阿久津が波留を連れて日光に向かったことを知った平良たちは、ついに阿久津との対面を果たす。事件の真実にたどり着いた先にある、“社会の闇”とは――。