女用心棒のバルサ (綾瀬はるか) は、川に落ちた王子チャグム (小林颯) を救い出すが、その際にえたいの知れないものが王子にまとわりつくのを見てしまう。王宮のろうにつながれたバルサだが、二ノ妃 (木村文乃) により解放され王子を連れて逃げるよう頼まれる。チャグムには水の魔物がとりつき、それを嫌った帝 (藤原竜也) が息子の命を狙っていると言うのだ。まだ幼く、気位だけは高いチャグムを連れてバルサの逃避行が始まった。

危機一髪のバルサ (綾瀬はるか) を救ったのはチャグム (小林颯) の不思議な能力だった。叫びに呼応した川の水が追っ手を押し流したのだ。満身創いのバルサは幼なじみのタンダ (東出昌大) に手当てを受け、一命をとりとめる。一方、チャグムに何が起きたのか調べていたシュガ (林遣都) は呪術師のトロガイ (高島礼子) から、王子に宿ったのは精霊の卵で守るべきものと聞かされる。それは新ヨゴ国の建国の神話を否定する内容だった。

精霊の卵を狙うラルンガから逃れたバルサ (綾瀬はるか) は雪を嫌う化け物をやり過ごすため、チャグム (小林颯) を連れて山の洞窟に逃げ込む。しかしその間にも卵は育ち、チャグムはもうひとつの世界〈ナユグ〉の闇に度々引きずり込まれるようになる。バルサは恐怖と闘うチャグムを抱きしめ、かつて自分を守ってくれたジグロ (吉川晃司) のことを語り始める。バルサの心の傷を知ったチャグムは、自分も運命から逃げないことを誓う。

ラルンガの襲撃をかわしたバルサ (綾瀬はるか) だが、チャグム (小林颯) は精霊の卵に操られるように森の中に消えた。帝 (藤原竜也) の密命でチャグムを狙うジン (松田悟志) との追跡劇が始まる。一方、王宮に連行されたトロガイ (高島礼子) はシュガ (林遣都) と共にラルンガ退治の方法を探り、伝説に隠された真実に気がつく。そのころ、チャグムはサーナンと呼ばれる水源にたどりつくが、その背後に卵を狙うラルンガが忍び寄る!

バルサ（綾瀬はるか）が逃亡生活を送るロタ王国に薬草を求めてタンダ（東出昌大）がやって来た。旧交を温める二人が泊まった宿にはアスラ（鈴木梨央）という少女がとらわれていた。人買いたちがアスラを怒らせるや、光が現れて周囲の人々を殺していく。バルサはアスラを救い出すがタンダは不吉だから関わるべきではないと忠告する。と、呪術師シハナ（真木よう子）がアスラをさらおうと現れる。バルサとシハナの死闘が始まった・・・！

バルサ（綾瀬はるか）がアスラ（鈴木梨央）と身を潜める小屋に呪術師スファル（柄本明）が現れ、アスラは怒りで人々を殺す力を持っており、誰にも救えないと忠告する。それでもアスラを守ろうとするバルサだが、薬を盛られたのか意識が遠のいていく・・・。一方、サンガル王国救出の航海に出たチャグム（板垣瑞生）は、タルシュ帝国に対抗するには隣国との同盟が必要と祖父のトーサ（伊武雅刀）に訴え、針路をロタ王国に向けさせた・・・！