「俺の…俺の夢をもぎ取ったあいつらは一体何者なんだ！」（サンシロー） プロ野球界にさっそうと現れた魔球投手・ツワブキサンシロー。だが、デビュー戦を直前に控えたある日、「君の命が狙われている」という謎の電話がサンシローにかかってくる。不安を感じながらもマウンドに立つサンシローだったが、常識では考えられない現象によって負傷し、野球ができない身体になってしまう。自分に起こった事件の真相を知るため、サンシローは御前崎の灯台に向かう。そこには大文字博士と地球を守る大空魔竜が待っていた！

初めてガイキングに乗りこんだサンシローだったが、思うように戦えずに手痛い敗北を喫し、操縦席で気絶してしまう。ベッドの上で目覚めたサンシローはすっかり自信を失い、大空魔竜から降りることを決意。しかし一人になったサンシローに、暗黒ホラー軍団は容赦なく襲いかかってくる。絶体絶命の危機に陥ったその時、サンシローは自らに秘められた超能力を知る。一方、ガイキングが動けないこの時を狙って、暗黒怪獣が本格的な攻撃を仕掛けてくる…。(C)東映アニメーション

大空魔竜に向かうサンシローを暗黒鳥人が襲撃した。だが、その中にたった一人、サンシローを助けた暗黒鳥人がいた。その男803号は、暗黒鳥人に改造されてなお洗脳されることなく、ゼーラ星の悲劇を宇宙に広げないためにと、ひそかに正義のために戦っていたのだ。しかし８０３号は抵抗むなしく捕らえられ、ふたたび洗脳されて暗黒騎士へと改造されてしまう。そうとは知らないサンシローはガイキングで暗黒怪獣と戦うが…。(C)東映アニメーション

何故かハニワを探し回る暗黒ホラー軍団。しかし目的のハニワは、研究のためすでに大空魔竜へと運ばれていた。暗黒怪獣ファイヤーバードは、すかさず大空魔竜を襲撃。ガイキングは激しい攻撃を受けてスカイラーと激突し、衝撃によって負傷したファンリーが視力を失ってしまう。責任を感じて訓練を続けるサンシローと、視力を失った状態になっても戦えるよう身体を鍛えるファンリー。二人の特訓が続くなか、ふたたびファイヤーバードが襲いかかってくる！(C)東映アニメーション

ヤマガタケは、みんなから期待されるサンシローに対抗心を燃やしていた。漂流していた民間人を救助して大空魔竜に収容し、鼻高々なヤマガタケ。しかしこれらは、すべて暗黒ホラー軍団の罠だったのだ。内部に侵入した暗黒鳥人の破壊工作により、ガイキングのパーツは破壊されてしまう。さらにそこを狙って、暗黒怪獣バラゴスが大空魔竜に攻撃を仕掛けてくる。ミドリにおだてられたヤマガタケは、ハチローと共にバゾラーに乗りこんでバラゴスに挑む！(C)東映アニメーション

ハワイ近海に突如として謎の島が現れた。島の遺跡はムー帝国に関係があるらしい。大空魔竜は調査のために島へと向かうが、暗黒怪獣キングスネークに襲われてしまう。何とか撃退して島へと上陸し、調査を始めるサンシローたち。しかしピートが、憧れのムー帝国の遺跡を目の当たりにして思わず単独行動を取ってしまう。そんな彼を狙う暗黒ホラー軍団。彼らはムー帝国を侵略の前線基地にしようと企んでいたのだ！(C)東映アニメーション