全日本ジュニア武術選手権決勝戦。そこでは、日高秋亜人（シュラト）対黒木凱（ガイ）による激しい戦いが行われていた。だが、お互いの技が交錯した瞬間、まばゆい光が二人を包み、次の瞬間、かき消すようにいなくなってしまった……。意識を失ったシュラトが、再び目を覚ますと、そこは見たこともない世界だった。目の前にいたラクシュという少女は、ここが「天空界」と呼ばれる世界だと語る。困惑するシュラトの前に、今度は奇妙な甲冑に身を包んだガイが現れる。親友との再会を喜ぶシュラト。だが、ガイは剣を抜き、シュラトに襲い掛かってきた!! シュラトはラクシュに言われるまま「オン・シュラ・ソワカ」とタントラを唱えると、シャクティがその身体を包んだ。“修羅王シュラト”がここに転生したのである。

迦楼羅王レイガにつれられて、シュラトは天空殿に登った。そこで、調和神ヴィシュヌと謁見したシュラトはガイと共に八部衆として天空界に転生したことを聞かされる。だが、なぜガイがシュラトの命を狙ったのかは、謎のままであった……。その夜、ヴィシュヌの腹心であった雷帝インドラが、ヴィシュヌを裏切り、石化の術をかけてしまう。その現場を目撃してしまった天王ヒュウガ、そして再びガイの襲撃を受けたシュラトとラクシュは、ヴィシュヌを石化した犯人はシュラトとヒュウガであるとし、残りの八部衆の面々に、二人の追撃を命じる。無実の罪を着せられたシュラトとヒュウガの運命は果たして――!?

天空殿からはるか遠くへ飛ばされたシュラトとヒュウガ、そしてラクシュ。彼らは一刻も早く天空殿に戻り、ヴィシュヌの石化を解くことを決意する。だが、ひょんなことからシュラトとヒュウガは言い争いになり、ケンカ別れをしてしまう。一方、シュラトたちを追いかけるため、インドラらは、マハーバと呼ばれる巨大戦艦で、天空殿を出発した。シュラトらを追いかける先鋒を務めた龍王リョウマは、ヒュウガのもとにたどり着く。かつて、リョウマとヒュウガは、共に戦い、切磋琢磨しあった親友であった。そんな二人が、インドラの陰謀とも知らずに剣を交わす。だが、その戦いの最中、リョウマはついに真実を知り、そして、シュラトたちの仲間になるのだった。

シュラトやガイだけでなく、リョウマまでも裏切ったと聞き、残された八部衆は驚愕する。とくにインドラを敬愛する那羅王レンゲは、そんな彼らを倒すべく、タクシャクとランバンを連れて、自ら出陣する。3人の襲撃を受けたシュラトたちは苦戦を強いられる。とくに、いまだ自らのソーマを使いこなせないシュラトは、苦戦の末、ついにソーマを極限まで高める方法をつかむ。レンゲたちとの戦いに復帰したシュラトは、渾身の力で必殺技“修羅魔破拳”を放つ。そのパワーはこれまでのシュラトとは桁違いに大きく、たちまちのうちに、レンゲたちを撃退したのだった。

天空殿に残された八部衆は、ガイ、レイガ、レンゲ、クウヤ、ダンの5人。中でも、ガイは、インドラ直属の部下として、八部衆を支配していた。ガイはシュラトらの追撃に、八部衆の面々ではなく、傀儡師カリを遣わす。そんなガイの態度に不信感をもつレンゲたち。その中でもレイガは、インドラに対して一抹の疑問を抱いていた。レイガはマハーバ出撃前に、ヴィシュヌの石像の前にいるインドラの残忍そうな目を見てしまったのだ。そして、レイガは、迦楼羅霊視羽を使いインドラを探り、その恐るべき正体を知ってしまう。一方、シュラトたちはカリの攻撃に苦戦を強いられる。だが、そんな彼らを助けたのは、マハーバから逃亡し、シュラトのもとに駆けつけたレイガだった！

天空界では、赤腫斑という奇病が至るところで蔓延していた。かつて神将であった摩利支天マリーチもまた、この病に冒されながらも天空殿を裏切った盟友ヒュウガを追っていた。一方、マハーバでは、レンゲがダーラとムーラという神将を連れてシュラト襲撃に出発。だが、攻撃を仕掛けた中に、マリーチの姿をみて愕然とする。マリーチは、かつてレンゲと共に修行し、レンゲに愛を告白した男だった。だが、インドラを敬愛していたレンゲはその申し出を断り、マリーチは身を引いた。運命的な再開をした二人。だが、ヒュウガたちが裏切り者でないことを知ったマリーチは、自らの命を賭けて、レンゲに立ち向かっていく。そして、レンゲの胸の中で絶命するのだった。