「この学校を変えたい!」全校生徒に向かって宣戦布告をしたツバメ (広瀬すず)。しかし、何をしたらよいかも分からず、ウジウジする中で彗 (神木隆之介) からの次なる指令は、「自分たちの村を作れ」。ツバメはその指示に従い、生徒会の役員たちを味方にしようとするが、生徒会予算の紛失事件に巻き込まれ、「会長不信任」を突きつけられる。「村を作る」どころか、孤立無援となったツバメに、彗が授ける次なる秘策は…!?

生徒会室が乗っ取られた!? 生徒会というか弱き仲間を得たツバメ (広瀬すず) が次に彗 (神木隆之介) に命じられた課題は、「自分たちの砦を守る」というもの。ツバメ達は、生徒たちの悩みを知るために目安箱を設置する。そんな中、各運動部の予算配分などで生徒会に怒涛のクレームが! バスケ部の夏樹 (間宮祥太朗) らの悪だくみで部室が割り当てられない「日陰クラブ」の部室として、生徒会室が占拠されてしまい…。

さあ、｢腐った教師を、切り捨てろ! ｣ある日、ツバメ (広瀬すず) 達が生徒会室を訪れると室内がめちゃくちゃに荒らされていた。犯人はプラチナ8に違いないのに、それを見て見ぬフリをする教師達…。彗 (神木隆之介) はそんな大人を懲らしめる唯一の方法は、｢スキャンダルだ!｣と高らかに宣言。次の日、生徒会の壁新聞に、エミリー (吉倉あおい) と担任の壺井 (金子ノブアキ) の熱愛スクープが貼り出されていて…。

「腑抜け共が蠢くクラスをヒックリ返せ!」文化祭のシーズン。ツバメ (広瀬すず) は着実に生徒の支持を集めていた…かのように見えたが、文化祭の準備中に、突如全員からボイコットを食らってしまう。最初は協力的に見えたみもりん (杉咲花) らプラチナ8がまたも何かおかしな動きをしたようで…。慌てるツバメだが、彗 (神木隆之介 )が「ハブられたんじゃない。おまえがやつらをハブってるんだ!」と言われ、動き始める…。

ツバメ (広瀬すず) への次なる彗 (神木隆之介) からの指令は、プラチナ軍団との直接対決!! ツバメ軍は次々に夏樹 (間宮祥太朗) を中心としたプラチナ枠の不当な権利に対して戦いをしかける。そしてついに自由なる日々を取り返した…、と思ったのも束の間、そこに現れたのはプラチナ枠の生徒の親で結成された明蘭PTA。そのPTAの会合で特別採用枠の廃止が主張され、ツバメたちを学園から追い出そうという決議が促される…。