乱太郎･きり丸･しんベヱが星空を眺めているとドクタケの八方斎 (はっぽうさい) が現われた。忍術学園から、アヒルさんボートを盗もうとしていたのだ。八方斎をつかまえようとする乱太郎たち。その時、いきなり空から流れ星が落ちてきて、八方斎に激突! 八方斎は人が変わったようになり、宇宙について語り始める。乱太郎、きり丸、しんベヱはおかしな八方斎にさそわれ、アヒルさん宇宙船で宇宙へ飛び出す!

今夜は満月。山田伝蔵 (やまだでんぞう) 先生は、伝子に変装して出かけることにする。すると突然、皆既月食が発生、月から光がさし、伝子は光に包まれて空にうきあがり、つれさられてしまう。見ていた乱太郎･きり丸･しんベヱはビックリ! 再びアヒルさん宇宙船に乗って、伝子を助けに出発する。伝子をさらったのは、なんと月のウサギだった!?

今日は、一年は組の大そうじの日。乱太郎･きり丸･しんべヱは、こっそり抜けだそうとする。すこし後ろめたく思いながら廊下を歩いていると、いきなりまっ黒な穴があらわれ、3人はその中に落ちてしまう! 穴の先は、なんと宇宙。宇宙に出た乱太郎たちは、白鳥型の宇宙船の中へ――。すると、「美しい宇宙の絶景を見るツアーへようこそ」。宇宙の名ガイドだと名乗るミス･スワンが、3人を歓迎するのだった。

山田先生から、忍術のぬきうちテストを言い渡され、試験勉強に四苦八苦する乱太郎、きり丸、しんべヱ。せめてあと1日あればなんとかなるのに、と「昨日に戻りたい」とため息をつく。そんな3人の目の前にあらわれたのは…。「創造の女神」を名のる、謎めいたおばあさん!?